Jōgorō Kobato und Yuki Osanai sind zwei Oberschüler, die ein geheimes Abkommen teilen. Nach schmerzhaften Erfahrungen in der Mittelschule, die aus ihren eigenen besonderen Fähigkeiten resultierten – Kobatos Gewohnheit, alles mit seiner deduktiven Logik zu überanalysieren, und Osanais Tendenz, aufgrund ihres seltsamen Verhaltens gemieden zu werden – haben sie beschlossen, während ihrer Oberschulzeit als völlig gewöhnliche und unauffällige Bürger zu leben. Sie treten als Klassenkameraden in die Funato-Oberschule ein und vereinbaren, sich gegenseitig dabei zu helfen, dieses unauffällige Leben beizubehalten und ein einfaches, friedliches Leben zu führen. Doch ihr Plan wird sofort auf die Probe gestellt, als mysteriöse Vorfälle und kleinere Katastrophen um sie herum auftreten. Trotz ihres aufrichtigen Wunsches, nicht aufzufallen, ziehen Kobatos scharfe detektivische Instinkte und Osanais scharfe Wahrnehmung sie immer wieder in den Mittelpunkt alltäglicher Rätsel, die gelöst werden müssen. Die Geschichte folgt ihrem Kampf, unentdeckt zu bleiben, während sie eine Reihe neugieriger Ereignisse bewältigen, die mit saisonalen Süßigkeiten verbunden sind, beginnend mit dem Fall einer frühlingsbegrenzten Erdbeertarte. Der Handlungsbogen entfaltet sich durch diese in sich geschlossenen, doch miteinander verbundenen Rätsel, die den Entschluss des Paares, gewöhnlich zu bleiben, gegen ihre natürliche Neigung, die Rätsel auf ihrem Weg zu zerlegen und zu lösen, auf die Probe stellen.