Die Welt des Jahres 20XX ist endlich im Frieden. Dr. Wily hat sich nach dem Ruhestand seines Rivalen Dr. Light zurückgezogen, und die Tage der Welteroberung und ständigen Kämpfe sind vorbei. Der erwachsene Rock, einst als Mega Man bekannt, hat seinen Mega Buster beiseitegelegt und eine neue Karriere als Zahnarzt begonnen, wo er eine Praxis mit seiner Schwester Roll als Assistentin führt. Die ehemaligen Robot Masters, einst als Waffen umprogrammiert, leben nun als gewöhnliche Bürger: Cut Man arbeitet als Friseur, Flame Man ist Koch und Top Man wurde ein Online-Influencer.

Doch dieses friedliche Dasein bringt unerwartete Komplikationen mit sich. Rock verbringt immer weniger Zeit in seiner Zahnarztpraxis und stattdessen mehr Zeit damit, den Sorgen seiner ehemaligen Feinde bei einem Getränk zuzuhören. Die Robot Masters, ausgestattet mit fortschrittlichen kognitiven Chips, erleben echte existenzielle Ängste über ihren Platz in der Welt. Guts Man sorgt sich, von neueren, effizienteren Robotermodellen obsolet gemacht zu werden, während Cut Man die Praktikabilität seines eigenen Designs in Frage stellt. Rock fungiert als geduldiger Vertrauter, bietet Ratschläge und Freundschaft für Roboter, die in einer Welt, die sie nicht mehr als Krieger braucht, nach Sinn suchen.

Unter dieser ruhigen Oberfläche beginnt sich ein neuer Konflikt zu regen. Berichte über zivile Unruhen und Roboteraufstände tauchen auf, doch diesmal gibt es keinen verrückten Wissenschaftler, der die Fäden zieht. Dr. Light entdeckt, dass neuere Robotermodelle trotz ihrer Limiter-Chips außer Kontrolle geraten, was zunächst den Verdacht auf Wily lenkt, der jedoch unter ständiger Überwachung steht und als unbeteiligt erwiesen wird. Als die Situation eskaliert, kehrt ein alter Widersacher zurück. Enker, einer der Mega Man Killer, erscheint nicht als einfacher Schurke, sondern als komplexer Verbündeter. In dem Glauben, sein Leben habe nur Bedeutung, wenn er letztendlich Mega Man zerstören kann, beschließt Enker, seinen Rivalen vor allen anderen Bedrohungen zu schützen, um sicherzustellen, dass er es sein wird, der schließlich den Sieg davonträgt.

Die Erzählung steuert auf eine bittersüße Auflösung zu. Ein groß angelegter Roboteraufstand bricht aus, und ein neuer, mysteriöser Gegner mit ähnlichen Ambitionen wie Wily kommt ans Licht. Rock ist gezwungen, seinen Helm erneut aufzusetzen, unterstützt von Enker und dem widerwilligen Beistand des pensionierten Dr. Wily, der Top Man entscheidende Informationen über ein verborgenes Massaker liefert, das den Aufstand auslöste. Der Manga endet damit, dass die Familie Light von einer wütenden Öffentlichkeit misstrauisch beäugt wird, weil Rock die rebellierenden Roboter zu einer Raumstation entkommen ließ. Doch es gibt Hoffnung; das Verbot, ältere Robot Masters zu reparieren, wird gelockert, sodass sie ihre Arbeit behalten können, und Enker wird zum Rockman des Weltraums. Rock und Roll kehren zur Zahnmedizin zurück, in dem Wissen, dass immer dann, wenn die Welt einen Helden wirklich braucht, der Blaue Bomber bereit sein wird, erneut zu kämpfen.