Eine junge Frau namens Chizuru Yukimura kommt 1864 nach Kyoto, als Mann verkleidet, auf der Suche nach ihrem vermissten Vater, einem Arzt der westlichen Medizin. In ihrer ersten Nacht in der Stadt wird sie von wilden, zombiähnlichen Kreaturen mit Blutdurst angegriffen, wird aber von der Shinsengumi, der Spezialpolizei des Shogunats, gerettet. Die Shinsengumi bringen sie zu ihrem Hauptquartier zum Verhör, wo ihre wahre Identität schnell aufgedeckt wird. Sie enthüllen, dass auch sie nach ihrem Vater suchen, der verdächtigt wird, das Wasser des Lebens erschaffen zu haben, ein verbotenes Elixier, das diejenigen, die es trinken, in einen Rasetsu oder Furor verwandelt. Dies verleiht ihnen übermenschliche Kraft und einen Heilungsfaktor auf Kosten ihres Verstandes und einer verkürzten Lebensspanne.

Um sie im Auge zu behalten und das Geheimnis des Wassers des Lebens vor der Verbreitung zu bewahren, erlauben die Shinsengumi Chizuru, bei ihnen als Page des Vizekommandanten Toshizo Hijikata zu bleiben. Während sie in die Gruppe integriert wird, wächst sie vielen ihrer bemerkenswerten Mitglieder näher, darunter dem freundlichen, aber strengen Kommandanten Isami Kondo, dem fröhlichen und jugendlichen Heisuke Toudou, dem stillen und loyalen Schwertkämpfer Hajime Saito und dem Schwertkämpfer-Prodigy Souji Okita, der heimlich mit einer tödlichen Krankheit kämpft.

Die Erzählung entfaltet sich vor dem Hintergrund des Zusammenbruchs des Tokugawa-Shogunats. Die Shinsengumi kämpfen darum, die Ordnung in Kyoto aufrechtzuerhalten, während sie sowohl politische Feinde, die den Kaiser unterstützen, als auch die wachsende Bedrohung durch die Rasetsu bekämpfen. Als die Feinde der Gruppe sich vermehren, werden mehrere Mitglieder, darunter Okita und Heisuke, tödlich verwundet und gezwungen, das Wasser des Lebens zu trinken, um zu überleben, und werden so zu eben den Monstern, gegen die sie kämpfen. Die Geschichte enthüllt auch, dass Chizuru selbst kein Mensch, sondern ein Oni ist, eine Nachfahrin eines mächtigen Dämonenclans, was sie zum Ziel anderer Oni macht, die sie für ihre eigenen Zwecke nutzen wollen.

Die Handlung besteht aus mehreren Erzählbögen, die den verschiedenen Routen des ursprünglichen Quellenmaterials folgen. Ein Bogen konzentriert sich auf Okita und erforscht seinen Kampf mit seiner Krankheit und seine schließliche Verwandlung in einen Rasetsu, um Chizuru zu schützen. Ein anderer folgt Hijikata und schildert seine Bürde als Anführer und seine letzten, zum Scheitern verurteilten Kämpfe gegen die kaiserliche Armee. Ein dritter Bogen dreht sich um Heisuke, der nach einer schweren Verwundung zum Rasetsu wird, und seine anschließende Verzweiflung und Schuld über den Verlust seiner Menschlichkeit. Der übergreifende Konflikt gipfelt im tragischen Niedergang der Shinsengumi, als sie von historischen Kräften überwältigt werden, was zum Tod der meisten ihrer Mitglieder in einem letzten, bittersüßen Abschluss führt.