Ōkiku Nattara Onna no Ko beginnt mit dem stillen Wunsch eines Jungen namens Shuuichi, der seiner Kindheitsfreundin Ryouko erzählt, dass er als Mädchen aufwachsen möchte. In einem Haushalt voller Frauen aufgewachsen, nachdem sein Vater gegangen ist, fühlt sich Shuuichi von weiblicher Kleidung und Ausdruck angezogen, und statt seine Gefühle abzutun, unterstützen ihn seine Mutter und Großmutter. Die Geschichte begleitet Shuuichi, als er beginnt, zu Hause und schließlich in der Öffentlichkeit als Mädchen zu leben, und die Grund- und Mittelschule unter der aufmerksamen Fürsorge von Ryouko meistert, die versucht, ihn vor Mobbing und Verwirrung zu schützen.

Der zentrale Konflikt entsteht aus der Kluft zwischen Shuuichis innerer Identität und den Erwartungen der Außenwelt. Während er am glücklichsten ist, wenn er Kleider trägt, seine Haare wachsen lässt und als Mädchen behandelt wird, kämpft Ryouko mit ihren eigenen Gefühlen – sie mochte Shuuichi immer so, wie er ursprünglich war, und fürchtet, dass seine Verwandlung ihn weiter von ihr entfernen wird. Ihre Beziehung wird zum emotionalen Kern der Serie, während Ryouko mit Eifersucht, Beschützerinstinkt und der Frage ringt, ob sie Shuuichi so lieben kann, wie er wirklich sein möchte.

Der Schauplatz wechselt zwischen Shuuichis Zuhause, wo seine Identität fraglos akzeptiert wird, und der Schule, wo Gerüchte und Neugier Spannungen erzeugen. Bemerkenswerte Handlungsbögen umfassen Shuuichis erste Erfahrung mit einer für Mädchen entworfenen Schuluniform, ein Sommerfest, bei dem er einen Yukata trägt und mühelos unter Fremden auffällt, und eine schmerzhafte Episode, in der ein Mitschüler sein Geheimnis entdeckt und droht, es aufzudecken. Ein weiterer bedeutender Bogen betrifft Ryoukos romantisches Geständnis, das Shuuichi zwingt, sich der Frage zu stellen, ob er als Junge oder als Mädchen geliebt werden möchte. Eine spätere Geschichte folgt einer Nebenfigur, einem Jungen namens Hiroshi, der sich mit Shuuichi anfreundet und Gefühle für ihn entwickelt, ohne sein bei der Geburt zugewiesenes Geschlecht zu kennen, was zu einem komplizierten Dreieck aus Geheimnissen und Selbstfindung führt. In den letzten Kapiteln akzeptiert Shuuichi, dass er sich nicht für ein einzelnes Label entscheiden muss, und der Manga endet mit einer bittersüßen, aber hoffnungsvollen Note, als er und Ryouko ihre Bindung bekräftigen, die nicht mehr durch Geschlecht, sondern durch die gemeinsam verbrachten Jahre definiert wird.