Die dreizehnjährige Nanoha Takamachi ist nicht mehr dasselbe Mädchen, das einst unter der Last ihrer eigenen Macht litt. Nach den Ereignissen der Filmkontinuität, insbesondere Reflection und Detonation, ist sie heller und energiegeladener geworden und verbringt ihre Tage als beauftragte Magierin. Eine bemerkenswerte Veränderung ist ihre neu entdeckte Leidenschaft für die Luftfahrt; sie nutzt oft jede freie Zeit, um Flugzeugausstellungen zu besuchen. Diese fröhliche Veranlagung erfreut ihre engsten Gefährten, Fate Testarossa Harlaown und Hayate Yagami, die sehen, wie sie eine unbeschwertere Jugend genießt als die, die in der ursprünglichen Zeitlinie dargestellt wurde.

Die Geschichte dreht sich um die Aktivitäten des Trios innerhalb einer neu gegründeten Organisation namens EXCEEDS. Gegründet und geleitet von Hayate Yagami, nachdem sie sich entschieden hatte, den Kommandantenkurs zu verlassen, ist EXCEEDS eine unabhängige Ermittlungsagentur, die direkt der Zeit-Raum-Verwaltungsbehörde untersteht. Ihre Mission ist es, globale Risiken zu untersuchen und Katastrophen zu verhindern, indem sie als Verbindungsstelle zu lokalen Sicherheitskräften fungiert. Der Schauplatz verlagert sich hauptsächlich in die Republik Darnaza, eine Nation, in der empfindungsfähige Roboter Seite an Seite mit Menschen leben und eine Form von Maschinenverehrung weit verbreitet ist. Diese Welt wird vom Erbe eines brutalen Bürgerkriegs heimgesucht, der vor fünfzehn Jahren endete, einem Konflikt, der als Hexenjagd bekannt ist und angeblich zur vollständigen Ausrottung einer Minderheitenrasse namens Hexen führte.

Der Konflikt entflammt erneut, als Militärroboter aus dem Bürgerkrieg zu Fehlfunktionen beginnen und einen Bewusstseinsfehler erleiden, der sie glauben lässt, der Krieg sei noch im Gange. Sie nehmen die Jagd auf ihr programmiertes „Vernichtungsziel“, die Hexen, wieder auf und stürzen die Republik Darnaza erneut ins Chaos. Die Behörde beauftragt EXCEEDS mit der Untersuchung der Wahrheit hinter Darnazas dunkler Geschichte. Im abgelegenen Mercure-Dorf, einer Gemeinschaft pensionierter Militärroboter, trifft das Team auf Philippy Merquir, eine junge „Roboterärztin“, die die Maschinen wartet. Ihr Vater Zeo, der Dorfvorsteher, ist ein ehemaliger Spezialeinheitssoldat mit einer mysteriösen Vergangenheit, die mit der legendären Einheit namens „Kishin ZED“ verbunden ist, und sein Körper ist stark mit Kybernetik modifiziert.

Die Erzählung erkundet diese neue Mission, während sie die Beziehungen und Zukünfte ihrer Hauptfiguren neu definiert. Der Manga etabliert eine eigene Zeitlinie, getrennt von der StrikerS-Kontinuität. Anders als in der Originalserie, in der Nanoha schwere Verletzungen erlitt, ist sie hier unversehrt und gedeiht. Hayate hat einen traditionellen Kommandoweg aufgegeben, um EXCEEDS von Grund auf als externe Organisation aufzubauen, während Fate ihre Pflichten als Offizierin mit ihrem Privatleben in Einklang bringt. Während die Untersuchung tiefer geht, stellen sich Nanoha, Fate und Hayate den vergrabenen Geheimnissen einer militaristischen Nation und einer Verschwörung, die die angeblich „ausgerottete“ Hexenrasse betrifft, während sie ihr Leben als jugendliche Offizierinnen in einer Welt meistern, die sich noch von einem verheerenden Krieg erholt.