Die Geschichte von Shabake spielt während der Edo-Zeit in Nihonbashi, wo Ichitaro der kränkliche junge Erbe von Nagasakiya ist, einem der größten und bekanntesten Geschäfte der Gegend. Aufgrund seiner äußerst schwachen Konstitution ist er weitgehend an sein Zuhause gefesselt und kann nicht in die Stadt hinausgehen. Trotz seiner menschlichen Gebrechlichkeit ist Ichitaro inmitten des Übernatürlichen aufgewachsen; er wird ständig von verschiedenen Ayakashi beschützt und bedient, darunter die treue Shirasa wa und der hundeähnliche Inugami, die als seine ergebenen Begleiter fungieren.

Eines Nachts widersetzt sich Ichitaro den überfürsorglichen Regeln seiner Familie und schleicht sich in die Stadt hinaus. Während dieses heimlichen Ausflugs wird er zum einzigen Zeugen eines brutalen Mordes. Von diesem Tag an sucht eine Reihe bizarrer und unerklärlicher Morde Edo heim, und Ichitaro findet sich unerklärlich mit der sich entfaltenden Gewalt verbunden. Unfähig, die Gefahr zu ignorieren oder sich auf seine eigene körperliche Stärke zu verlassen, beschließt Ichitaro, die Verbrechen mit Hilfe seiner Ayakashi-Gefährten zu untersuchen, die auf den gefährlichen Straßen als seine Hände und Augen fungieren.

Die Serie folgt Ichitaro, wie er seinen Verstand und die Fähigkeiten seiner übernatürlichen Freunde einsetzt, um diese dunklen Geheimnisse zu lösen. Die Erzählung vermischt das Detektivgenre mit historischer Fantasy und erschafft eine Welt, in der Menschen und Geister koexistieren, obwohl die meisten gewöhnlichen Menschen sich der Ayakashi, die neben ihnen leben, nicht bewusst sind. Während die bizarren Fälle fortschreiten, entdeckt Ichitaro, dass die Geheimnisse hinter den Morden mit seiner eigenen Vergangenheit und der Natur seiner Existenz verbunden sind, was ihn zwingt, sich einer erschreckenden Wahrheit zu stellen, die seine treuen Beschützer vor ihm zu verbergen versucht haben. Ein zentraler Handlungsbogen beinhaltet Ichitaros Verfolgung eines mysteriösen Tsukumogami, eines Geistes, der aus einem alten Werkzeug geboren wurde, der Menschen in der ganzen Stadt besitzt und sie in den Wahnsinn treibt, während er verzweifelt nach einer Medizin sucht, die ihm wahres Leben schenken kann. Diese Untersuchung bringt ihn in direkten Konflikt mit einem dunklen Spiegelbild seines eigenen Kampfes gegen einen gebrechlichen Körper und die Angst vor dem Tod, was seine Ayakashi-Freunde dazu zwingt, in einem Höhepunkt als seine Verteidiger zu handeln, der Ichitaro letztendlich eine neue Hoffnung und einen entschlossenen Lebenswillen gibt.