Im Land Yamato leben Menschen und göttliche Wesen, genannt Kami, in einer symbiotischen Beziehung. Menschen erzeugen eine lebenswichtige Energie namens Aura, von der die Kami abhängen, um zu wachsen und ihre Stärke zu erhalten. Im Gegenzug nutzen die Kami ihre Kräfte, um die Menschen vor Stigma zu schützen, einem verderblichen Miasma, das aus negativen Emotionen entsteht und Menschen in monströse Wesen verwandeln oder in den Wahnsinn treiben kann.

Die Geschichte folgt hauptsächlich zwei Kami-Partnern: Shirakami Fubuki, einem Fuchsgeist, und Ookami Mio, einem Wolfsgeist, die als Beschützer der Shirakami-Region dienen. Fubuki ist ein lockerer und lässiger Beschützer, der viel Freizeit mit Videospielen verbringt, sogar ihr Schwert bei Mio vergisst oder Instantnudeln hausgemachten Mahlzeiten vorzieht. Trotz ihrer entspannten Art nimmt sie ihre Pflicht ernst und nutzt ihre Kräfte, um Stigma von betroffenen Personen zu reinigen. Mio ist die besonnenere und verantwortungsbewusstere der beiden und fungiert in vielerlei Hinsicht als Fubukis Betreuerin. Als unbewaffnete Kämpferin setzt sie feuerdurchsetzte Schläge und Tritte ein und besitzt die einzigartige Fähigkeit, sich astral zu projizieren, um emotionale oder spirituelle Rückstände von Vermissten zu verfolgen – eine Kraft, die mit einem traumatischen Kindheitserlebnis verbunden ist, das sie geheim hält.

Der zentrale Konflikt des ersten großen Handlungsbogens beginnt, als mehrere Kinder aus der Hauptstadt Kyo-no-Miyako verschwinden. Fubuki und Mio werden zur Untersuchung entsandt, was sie zum Oeyama-Gebirge führt. Dort werden sie von einem mächtigen Oni namens Nakiri Ayame angegriffen, der mit ihren Irrlicht-Vertrauten eine große Rüstung aus belebter Samurai-Rüstung fernsteuern kann. Die Wende im Kampf kommt, als das Duo entdeckt, dass der Entführungsfall nicht das ist, was er scheint – die Kinder könnten nicht aus böswilligen Gründen, sondern an einen sichereren Ort als ihr Zuhause gebracht worden sein. Diese Untersuchung führt sie auf die Spur einer bösartigen Spinnen-Yokai namens Jorougumo, die als Hauptgegnerin des Bogens dient.

Die Erzählung ist um mehrere wichtige episodische Vorfälle herum aufgebaut, die die Welt und die Charaktere entwickeln. Ein frühes Kapitel beinhaltet die Untersuchung eines Spukhauses namens Herrenhaus der verlorenen Puppe, einem Ort, der aufgrund von Gerüchten in Abwesenheit seines Besitzers mit Stigma gesättigt ist. Im Inneren trifft das Duo auf Nue, eine stumme, kindliche Yokai, die sich nur Freunde wünscht, aber nur kommunizieren kann, indem sie Menschen mit gruseligen Phänomenen anlockt. Ein weiterer Vorfall betrifft eine Studentin, die von einem stigmatisierten Eichhörnchen-Ayakashi besessen ist, das sich als großes, physisch mit seinem Wirt verbundenes Biest manifestiert.

Im Verlauf der Geschichte taucht ein übergeordneter Schurke auf. Magatsuhi-no-Kami ist ein dunkler Gott, der einst Yamato terrorisierte und nur durch das Opfer vieler mächtiger Kami besiegt und versiegelt wurde. Fragmente seiner Macht, bekannt als die Scherben von Magatsu, sind dunkle Magatama-Juwelen, die vor Stigma strotzen und Yokai wie Jorougumo befähigen können, unabhängig von einem menschlichen Wirt zu existieren. In Anerkennung der Bedrohung durch eine mögliche Wiederbelebung dieses Übels entsendet der hochrangige Kami Kyubi Fubuki und Mio ins kulturelle Zentrum Akihabara, um Verbündete zu suchen. Dort treffen sie auf eine Elite-Schreinjungfer, die auch als populäres Idol namens Sakura Miko arbeitet und möglicherweise den Schlüssel zu einer uralten Macht besitzt, die in der Region schlummert. Die Serie verbindet übernatürliche Detektivarbeit mit Slice-of-Life-Humor und balanciert unbeschwerte Momente des Spielens und alltäglicher Aufgaben mit dramatischen Kämpfen gegen verderbliche Kräfte und der Erkundung vergangener Traumata aus, was einen Ton ähnlich einem wöchentlichen übernatürlichen Vorfall-lösenden Abenteuer erzeugt.