Um ihr Image als verbrechensfreies Paradies zu wahren, betreibt die japanische Regierung eine geheime Organisation namens Direct Attack oder DA. Diese Behörde rekrutiert junge verwaiste Mädchen und bildet sie zu inoffiziellen Agentinnen aus, den sogenannten Lycoris, die Kriminelle und Terroristen ausschalten sollen, bevor die Öffentlichkeit überhaupt von einer Bedrohung erfährt. Getarnt in Schuluniformen, um sich in den Alltag einzufügen, sind diese Agentinnen erfahrene Attentäterinnen, die befugt sind, tödliche Gewalt anzuwenden, um den künstlichen Frieden der Nation aufrechtzuerhalten.

Die Geschichte konzentriert sich auf Takina Inoue, eine kühle und effiziente Lycoris, die Ergebnisse über alles stellt. Während einer Operation zur Unterbindung eines großen Waffendeals wird eine Kollegin als Geisel genommen. In ihrem Bestreben, ihre Partnerin zu retten, missachtet Takina Befehle und eröffnet wahllos das Feuer auf den Feind. Ihre Aktionen werden, obwohl sie erfolgreich ihre Kameradin retten, von der Führung der DA als ungehorsam und rücksichtslos angesehen, da sie die Geheimhaltung der Organisation gefährden könnten. Als Strafe wird sie von der Hauptzentrale in eine abgelegene Zweigstelle versetzt.

Diese Zweigstelle operiert unter dem Deckmantel eines Cafés namens LycoReco in Tokio, das von einem Mann namens Mika geführt wird. Dort wird Takina gezwungen, mit Chisato Nishikigi zusammenzuarbeiten, die als die größte Lycoris-Agentin aller Zeiten gilt. Wo Takina ernst und pragmatisch ist, ist Chisato eine unbeschwerte Optimistin und eine überzeugte Pazifistin. Trotz ihrer unglaublichen Kampffähigkeiten weigert sie sich, ihre Gegner zu töten, und verwendet stattdessen spezielle nicht-tödliche Gummigeschosse. Das Café selbst übernimmt eine Vielzahl von Gelegenheitsjobs für die Öffentlichkeit, von Babysitten und Einkaufen bis hin zum Unterrichten von Japanisch, zusätzlich zu den geheimen Missionen, die von der DA zugewiesen werden.

Takina betrachtet ihre Zuweisung zu LycoReco als vorübergehenden Rückschlag und ist entschlossen, sich zu beweisen, damit sie zur Hauptorganisation zurückkehren kann. Sie entdeckt jedoch bald, dass Chisato nicht nur eine erfahrene Agentin ist, sondern auch die einzige Lycoris, die den Rang eines Fähnrichs innehat, erkennbar an einer roten Uniform. Als sie in chaotische Alltagssituationen und gefährliche Missionen geworfen werden, prallen ihre gegensätzlichen Philosophien ständig aufeinander. Takina glaubt an die effiziente Beseitigung von Bedrohungen, während Chisato zeigt, dass es immer einen anderen Weg gibt.

Ihr friedliches, wenn auch ungewöhnliches Leben im Café wird durch eine wachsende terroristische Bedrohung herausgefordert, angeführt von einem wahnsinnigen Mann namens Majima, der versucht, die DA zu entlarven und den falschen Frieden, den sie schützt, zu zerstören. Die Geschichte folgt dem ungleichen Duo, während sie mit anderen Café-Angestellten zusammenarbeiten, darunter Mizuki, eine ehemalige DA-Geheimdienstagentin, und Kurumi, ein genialer Hacker namens Walnut. Während der Konflikt eskaliert, erfährt Takina den schmerzhaften Grund für Chisatos Pazifismus: Sie besitzt ein künstliches Herz, das sie am Leben hält, und ihre Zeit ist begrenzt. Der Handlungsbogen zeichnet Takanas wachsende emotionale Bindung zu ihrer neuen Partnerin nach, die sie dazu zwingt, ihre Loyalität gegenüber der Organisation, die sie verstoßen hat, zu überdenken und letztendlich zu wählen, ihre Freundin zu retten, selbst wenn dies bedeutet, die DA endgültig zu missachten.