Hetappi Manga Kenkyujo R beginnt, als ein Manga-Redakteur namens Saito, erschöpft von niedrigem Gehalt und langen Arbeitszeiten, in die Wohnung des Manga-Künstlers Yusuke Murata platzt und verkündet, dass er seinen Job kündigen will, um ein professioneller Manga-Schöpfer zu werden. Er besteht darauf, dass Murata ihm das Zeichnen beibringt. Der faule, aber talentierte Murata, der dabei angetroffen wird, wie er aus einem Schlafsack heraus arbeitet, willigt widerwillig ein, seinem beharrlichen ehemaligen Redakteur zu helfen.

Die Geschichte folgt dieser ungewöhnlichen Schüler-Lehrer-Beziehung, während Saito, ein kompletter Amateur, der einen Kamen-Rider-Gürtel um die Taille trägt, die Grundlagen der Manga-Erstellung lernt. Der Schauplatz wechselt zwischen Muratas unordentlicher Tokioter Wohnung, in der er mit seinen Assistenten arbeitet, und verschiedenen Orten, an denen sie Interviews mit erfolgreichen Weekly-Shonen-Jump-Künstlern führen. Im Laufe der Erzählung konsultieren Murata und Saito mehrere reale Manga-Schöpfer, die als Charaktere auftreten. Mizuki Kawashita, bekannt für romantische Komödien, bringt Saito bei, wie man ansprechende weibliche Charaktere zeichnet. Mitsutoshi Shimabukuro gibt Ratschläge zu Charakterdesign und Persönlichkeit. In einem bemerkenswerten Handlungsbogen nehmen sie an einem Abendessen mit Yoshihiro Togashi teil, der seinen Ansatz zu Charakteremotionen und -ausdruck diskutiert, insbesondere wie die Gefühle eines Charakters durch seine Augen vermittelt werden können. Die Serie folgt auch zwei aufstrebenden Rookie-Manga-Künstlern, F-o und M-moto, die Rat suchen, wie man dynamische Bewegung in Sport-Mangas erzeugt.

Jedes Kapitel konzentriert sich auf ein spezifisches technisches Thema und schreitet von grundlegenden Werkzeugen und Stiftübungen zu Gesichtsausdrücken, Körperproportionen, Bewegungserzeugung, Perspektive, Hintergrundkunst und der Entwicklung origineller Charaktere fort. Die Erzählung ist als lehrreicher Manga über das Erstellen von Mangas gerahmt und vermischt komödiantische Interaktionen zwischen dem faulen Künstler und seinem eifrigen ehemaligen Redakteur mit praktischer, schrittweiser Zeichenanleitung. Neben den Hauptlektionen enthält das Buch Bonusseiten, die das Einreichen von Manuskripten, die Rolle von Manga-Redakteuren und verschiedene von Jump gesponserte Manga-Auszeichnungen abdecken. Die Geschichte endet damit, dass Saito ein grundlegendes Verständnis des Handwerks erlangt hat und sich von einem desillusionierten Redakteur zu jemandem entwickelt hat, der die Herausforderungen und Techniken der professionellen Manga-Erstellung aus erster Hand erfahren hat.