Der zehnjährige Nico White lebt in einer perfekt sicheren und gut gebauten Stadt, doch er langweilt sich in ihren friedlichen Grenzen. Als Sohn eines berühmten Abenteurers hat Nico ein besonderes Wappen auf seiner Hand geerbt, bekannt als Mod-Kraft, die es ihm ermöglicht, jedes Werkzeug oder jeden Gegenstand, den er sich vorstellen kann, ohne Werkbank herzustellen. Getrieben von dem Wunsch, in die Fußstapfen seines Vaters zu treten und seine eigene Stärke zu beweisen, träumt er davon, sein Zuhause zu verlassen, um bis ans Ende der Welt zu reisen. Seine Chance kommt, als ein Zombie-Angriff ihn zwingt, seine Kräfte einzusetzen, um sein Dorf zu verteidigen, und er sich so das Recht verdient, seine Reise zu beginnen.

Fast unmittelbar nach dem Aufbruch trifft Nico auf einen seltsamen und intelligenten Zombie, der spricht. Dies ist Gray, ein Mann, der von einem Mod verflucht wurde, der ihn und sein ganzes Dorf in untote Monster verwandelte. Anders als andere Zombies verbrennt Gray nicht im Sonnenlicht und hat seine Intelligenz behalten. Er schließt sich Nico auf seiner Suche an, in der Hoffnung, ein Heilmittel für seinen Zustand zu finden. Die Gruppe erweitert sich bald um Yamabuki, einen lauten und ungeschickten Ninja, der wegen seiner mangelnden Versteckfähigkeiten aus seinem Dorf geworfen wurde, aber ein beeindruckender Kämpfer ist. Später stoßen Navy, ein kleiner, sprechender Creeper, und Platinum, ein Eisengolem, der wie eine menschliche Frau gestaltet ist, zu ihnen – alle teilen das Ziel, das Ende der Welt zu erreichen.

Die übergeordnete Erzählung folgt Nico und seinen Gefährten, während sie durch verschiedene Biome reisen, von Wüsten über Ozeane bis hin zu vulkanischen Bergen. Ihre Reise ist episodisch, wobei jeder Halt ein neues Dorf in der Krise oder einen mächtigen Feind zum Besiegen einführt. Zu diesen Handlungsbögen gehören das Besiegen der Sandbande, einer Gruppe von Dieben, die die gesamte Wasserversorgung eines Dorfes stehlen, die Rettung eines jungen Mädchens namens Lily vor einer riesigen Spinne, die durch einen Wachstumsmod enorm groß geworden ist, und die Überquerung eines gefährlichen Ozeans, der von Ertrunkenen befallen ist. Nico hat es auch mit wiederkehrenden Rivalen wie den Brown-Brüdern zu tun und muss Fallen überleben, die vom Alten Fallensteller gelegt wurden. Während ihrer Reise sieht sich die Gruppe Bedrohungen durch Banditen ausgesetzt, die Nicos mächtigen Mod stehlen wollen, und begegnet einzigartigen Kreaturen mit eigenen Mod-Kräften, darunter ein Kurvenball schießender Ghast im Nether und ein blauflammiger Blaze.

Die Einsätze steigen erheblich, als die Gruppe schließlich das Ende erreicht und den Enderdrachen besiegt. In der Folge werden Nico und seine Freunde zerstreut, und eine neue, größere Krise taucht auf. Ein mächtiger Feind, bekannt als der Zerstörungskönig Abyss, erscheint und schwingt den geheimnisvollen Königs-Mod. Das Ziel von Abyss und seiner Bösen Königsbande ist nichts Geringeres, als die Welt selbst zu verändern und zu zerstören. Nico muss seine verstreuten Freunde wiedervereinen und sich dieser ultimativen Bedrohung stellen, um die Welt zu retten, von der er gelernt hat, dass sie voller Wunder und Gefahren ist.