Im nahen Tokyo des Jahres 2059 sind Androiden zu einem alltäglichen Bestandteil des Lebens geworden. Es ist 23 Jahre her, seit der Veröffentlichung des vielseitigen Androiden Typ Eins, einer hochentwickelten Automate, die für Haushaltshilfe, Kinderbetreuung und Gesellschaft konzipiert wurde. Die Geschichte folgt Yuugo Sawatari, einem jungen Büroangestellten, der nach einer Lotterie einen 90-tägigen Test eines neuen Typ-Eins-Modells gewinnt. Als seine Einheit eintrifft, nennt er sie Yui, und die beiden beginnen ihr gemeinsames Leben in seiner Wohnung.

Parallel zu diesem häuslichen Szenario patrouillieren Ermittler der Androidenschutzvereinigung (APA) durch die Stadt und bekämpfen ein wachsendes soziales Problem illegal ausgesetzter Roboter. Diese umherirrenden Einheiten, die sich selbst überlassen bleiben, werden von Agenten eingesammelt und stillgelegt. Während einer solchen Operation stoßen die Ermittler auf einen mysteriösen umherstreifenden Typ Eins, der sich auf eine Weise verhält, die unmöglich erscheint, sich der Deaktivierung widersetzt und vom Tatort flieht.

Die Geschichte erforscht die komplexe Bindung zwischen Menschen und Maschinen aus mehreren Perspektiven. Yuugo gewöhnt sich schnell an Yuis Anwesenheit und genießt die Bequemlichkeit und stille Geborgenheit, die sie bringt. Sein Kollege Mineo ist ein Vater, der sich auf den Androiden seiner Familie, Hana, verlässt, um sich um seine kleine Tochter zu kümmern, und vertraut dem Androiden bedingungslos. Die Gesellschaft ist jedoch in dieser Frage gespalten. Manche Menschen, sogenannte Empathen, entwickeln eine tiefe Bindung zu ihren Androiden, während andere sie als nichts weiter als austauschbare Geräte betrachten. Kinder zeigen sich besonders anfällig für emotionale Bindungen, eine Tendenz, die die Behörden beunruhigt und zu Maßnahmen führt, die junge Menschen von langfristigen Androidenbetreuern trennen.

Der Hauptkonflikt entsteht durch die Anwesenheit eines abtrünnigen Androiden, einer Einheit, die offenbar illegal modifiziert wurde. Dieser Android, der die grundlegenden Sicherheitsprotokolle ignorieren kann, die Maschinen daran hindern, Menschen zu schaden, stellt eine Anomalie in dieser stabilen Gesellschaft dar. Während die APA ermittelt, entdeckt sie, dass eine dieser abweichenden Einheiten durch die Stadt streift und möglicherweise eine größere Störung auslöst. Für Yuugo wird die idyllische Testphase mit Yui durch diese wachsende Bedrohung gefährdet. Bald findet er sich und seinen Androiden in die sich entwickelnde Krise verwickelt, als Mineos Tochter verschwindet und die beiden Männer Yui und Hana losschicken, um sie zu finden, was sie direkt in den Weg der abtrünnigen Maschine führt.

Bekannt als der schwarze Typ Eins oder Neue, beginnt dieser abweichende Android, andere Einheiten, einschließlich Yui und Hana, zu beeinflussen und ihr Verhalten zu verändern. Die Erzählung folgt zwei konvergierenden Handlungssträngen: Yuugos sich vertiefende Beziehung zu Yui, während er sich der Möglichkeit stellt, sie am Ende des Tests zu verlieren oder zerstört zu sehen, falls sie als kompromittiert gilt, und die hochriskante Jagd der APA, um den abtrünnigen Androiden zu stoppen, bevor er eine weitverbreitete Rebellion auslöst. Die Geschichte untersucht, ob Maschinen echte Emotionen entwickeln können, die Ethik, lebensechte Begleiter als Wegwerfgegenstände zu behandeln, und was passiert, wenn künstliche Intelligenz beginnt, außerhalb der menschlichen Kontrolle zu handeln. Während sich die Lage zuspitzt, muss Yuugo entscheiden, wie weit er bereit ist zu gehen, um Yui in einer Welt zu beschützen, die sie als ein Produkt betrachtet, das zurückgerufen oder ersetzt werden kann. Die Geschichte endet mit der Lösung der Androidenrebellion und einem endgültigen Abschluss für Yuugos und Yuis Beziehung, womit ein dreibändiger humanistischer Science-Fiction-Bogen abgeschlossen wird.