Der Konflikt beginnt nicht auf der Erde, sondern in der antiken Stadt Sodom, wo eine als Gott bekannte Entität angreift. In diesem Krieg kämpfen die Wissenschaftler Dante und Medusa zusammen mit ihrem Kollegen Satan mit fortschrittlichen bewaffneten Flugzeugen zurück. Während der Schlacht verschmelzen göttliche Flammen die Wissenschaftler mit ihren Maschinen und verwandeln sie in die ersten Dämonen. Die Menschen von Sodom, die davon befreit wurden, zu einem riesigen Krieger namens Adam verschmolzen zu sein, werden ebenfalls durch dieselben Flammen in Dämonen verwandelt. Teile Gottes besetzen dann andere Kreaturen und erschaffen engelsgleiche Wesen. Ein langer Krieg bricht aus, der damit endet, dass der Dämon Dante besiegt und von der kolossalen Entität Eva, die Dantes Schwester Olga in ihrer Stirn eingebettet hat, im Himalaya versiegelt wird.

Die Geschichte wechselt dann in die Neuzeit. Ein junger Mann namens Ryo Utsugi wird von seltsamen Albträumen und Visionen geplagt. Er wird in einen Konflikt zwischen zwei geheimen Organisationen hineingezogen: den Satanisten, die den Dämonenfürsten wiederbeleben wollen, und den Seelen Gottes, einer militanten religiösen Armee unter der Führung seines Kendolehrers Sosuke Oshiba, die Dämonen jagt. Ryo wird schließlich in den Himalaya gelockt, wo der gefrorene Körper von Dante aufbewahrt wird. In einem Ritual wird er vom Dämonenfürsten verschlungen, aber sein Bewusstsein überlebt und übernimmt Dantes Körper, was zu einem verwirrten Amoklauf durch Tokio führt.

Nach diesem Ereignis trennt sich Ryo von Dantes monströser Gestalt, behält dämonische Eigenschaften, aber seinen eigenen menschlichen Verstand. Fünf Jahre lang versteckt er sich, während die Welt durch den Krieg zwischen Engeln und Dämonen verwüstet wird. Seine Schwester Aya entpuppt sich als die Reinkarnation von Olga, Dantes Schwester, und wird gewaltsam in eine neu geformte Eva integriert. Ryo erwacht als Dante wieder, vereint sich mit seinen alten Verbündeten wie Medusa und Satan und führt einen totalen Krieg gegen die Kräfte Gottes. In der letzten Schlacht besiegen die Dämonen den kolossalen Adam und Eva. Dante gelingt es, seine Schwester aus Eva zu befreien, was dazu führt, dass Gott besiegt wird und die Erde verlässt. Die Erzählung schließt den kosmischen Kreislauf der Rebellion, der in Sodom begann, ab, wobei die Dämonen endlich den Sieg über ihren göttlichen Schöpfer erringen.