Während er ein neues VRMMO testet, findet sich ein junger Mann namens Reito Kanzaki für drei qualvolle Jahre in der Spielwelt gefangen. Er kämpft unermüdlich, besiegt schließlich den Endboss und schafft es endlich, sich auszuloggen, in der Erwartung, zu seinem normalen Leben zurückzukehren. Doch sofort wird ihm klar, dass etwas furchtbar falsch ist. Die Realität, in die er zurückkehrt, ist nicht die, an die er sich erinnert. Diese Welt ist auf subtile Weise von übernatürlichen Kräften verdreht, in der jetzt Monster umherstreifen und ein mysteriöses Mädchen, das behauptet, seine kleine Schwester zu sein, plötzlich bei ihm lebt. Am schockierendsten ist, dass Reito entdeckt, dass sein Charakterstatus und seine überwältigenden Fähigkeiten aus dem Todes-Spiel in die reale Welt übergegangen sind und ihm Kräfte verleihen, die weit über die eines normalen Menschen hinausgehen.

Da er nun den Titel des Dämonenbesiegers trägt, schreibt sich Reito an einer Schule mit einer Abenteuerabteilung ein, in der Schüler darauf trainiert werden, gegen die Dämonen zu kämpfen, die in der Realität aufzutauchen beginnen. Ihm schließen sich neue Partner an, darunter Yukiori und Koi Wing, während er dem Geheimnis nachgeht, warum seine Spielwelt in die Realität übergeschwappt ist. Sein Hauptantrieb ist es, einen Weg zu finden, die Freunde zu retten, die er zurückgelassen hat – jene, die nicht aus der Spielwelt Astral Border entkommen konnten, als er es tat.

Die Geschichte folgt mehreren wichtigen Handlungsbögen. Reito nimmt am schulübergreifenden Austauschwettbewerb seiner Schule teil, doch ein routinemäßiger Kampf in einer speziellen Zone wird tödlich, als plötzlich ein echter Dämon erscheint. Dieser Dämon hat ein einziges Ziel: Reito Kanzaki zu besiegen. Die Situation eskaliert dramatisch während eines weiteren schulübergreifenden Austauschspiels, als sich ein dämonisches Wesen in dem speziellen Bereich manifestiert. Reito ist entsetzt, als er den Angreifer als Iori erkennt, eine Gefährtin, mit der er einst im Todes-Spiel eine Gruppe bildete. Er ist gezwungen, gegen seinen Willen zu kämpfen, um sie zu unterwerfen, in der Annahme, dass sie von einem unbekannten Feind manipuliert wird. Diese Konfrontation offenbart die Existenz eines mysteriösen Faktors, eines spezifischen Merkmals, das offenbar Reito, Iori und möglicherweise andere wie Souma und Mia gemeinsam haben und das sie zu Zielen dieser Angriffe macht. Diese Untersuchung zwingt Reito und seine Freunde, sich einem neuen Feind in einer Welt zu stellen, in der die Beziehung zum alten Astral Border langsam klarer wird.