Sechs Monate nach den Ereignissen von Ginga: The Last Wars ist der junge Krieger Orion verschwunden, während er versuchte, seiner Mutter die Nachricht vom Tod seines Bruders Sirius zu überbringen. Die Soldaten der Ou-Armee werden besorgt und machen sich auf, ihn zu finden. Während ihrer Suche stoßen sie auf eine neue und erschreckende Bedrohung: die Aka-Ari, oder Roten Ameisen, eine riesige Armee von wilden Hunden, angeführt von drei kolossalen Tibetmastiff-Brüdern namens Wanwan, Shuou und Beniou. In dem Glauben, die Ou-Armee sei von Bären ausgelöscht worden, fegt diese kannibalische Horde durch Japan, zerstört jeden, der sich ihnen in den Weg stellt, und tötet die Welpen der Ou-Soldaten, darunter auch die der Helden Jerome und Lydia.

In der Zwischenzeit wird der deprimierte und erschöpfte Orion aus dem Ozean gezogen und zu einem mysteriösen alten Hund gebracht, der in der Wildnis lebt. Dieser Ältere ist Noah, eine sanfte Seele, die sich mit Hilfe seiner Gefährten Buna und Kogomi um verlorene Welpen kümmert. Obwohl Noah Orion nicht erkennt, löst der Anblick des jungen Akita starke Rückblenden in eine gewalttätige Vergangenheit aus, an die er sich nicht vollständig erinnern kann. Noah wird schließlich von einem der Aka-Ari-Kommandeure, Shou, gestellt, der ihn beinahe tötet. Als Noah am Rande des Todes steht, hat er eine außerkörperliche Erfahrung und seine Erinnerung kehrt in einer Flut zurück. Er erkennt, dass er nicht einfach Noah ist, sondern Hyena, ein ehemaliger Soldat von Rikis ursprünglicher Ou-Armee und ein früherer Handlanger des Schurken Sniper. Hyena hatte vor Jahren überlebt, als er von einem Fluss weggespült wurde, nur um von einem Menschen gerettet zu werden, der ihm einen neuen Namen und ein neues Leben gab. Nachdem sein Besitzer später starb, widmete sich Hyena, der nun vollständig die Identität Noahs angenommen hatte, dem Schutz der Unschuldigen.

Mit wiederhergestellter Erinnerung erhält Noah eine düstere prophetische Vision einer großen Katastrophe, die bald alle Hunde heimsuchen wird. Gerade als Orion die Ou-Armee wiedervereint, um sich der Führung der Aka-Ari zu stellen, erfüllt sich Noahs Prophezeiung auf katastrophale Weise. Ein Meteoritenschauer schlägt in der Region ein und verursacht einen gewaltigen Tsunami, Vulkanausbrüche und weit verbreitetes Chaos. Die daraus resultierende Naturkatastrophe unterbricht den Kampf und zwingt sowohl die Ou-Hunde als auch die überlebenden Aka-Ari-Anführer, in einer verlassenen Mine Schutz zu suchen.

Der Meteoriteneinschlag bringt auch ein bizarres neues Element in den Konflikt: parasitäre außerirdische Fadenwürmer. Wanwan wird von menschlichen Militärkräften getötet, aber von diesen Würmern wiederbelebt und wird zu einem infizierten, nahezu unbesiegbaren Monster. Daraufhin infiziert und tötet Wanwan seinen eigenen Bruder Beniou. Als sie erkennen, dass die Würmer anfällig für Salzwasser sind, nutzen Noah und ein mysteriös wiederbelebter Sirius ihre vereinte spirituelle Kraft, um die infizierten Wanwan und Beniou ins All zu schleudern, bevor sie sie in den Ozean stürzen, wo die Würmer und die beiden Brüder endgültig zerfallen. Nachdem die Aka-Ari und die außerirdische Bedrohung neutralisiert sind, beginnt die Ou-Armee mit dem Wiederaufbau, und die Geschichte endet damit, dass Noah sein Leben als Beschützer der Hilflosen fortsetzt.