Auf der Erde-616 lastet eine vertraute Tragödie schwer auf Peter Parker. Immer noch vom Tod seines Onkels Ben heimgesucht, kämpft Spider-Man an der Seite der Avengers gegen Doctor Doom in New York City. Als trotz seiner Bemühungen ein Gebäude einstürzt, ist Peter am Boden zerstört. Tony Stark versucht ihm beizubringen, dass ein Held nicht jeden retten kann, aber Peter weigert sich zu akzeptieren, dass Opfer notwendig sind. Doctor Doom nutzt die Verzweiflung des jungen Helden aus und stellt die Natur des Heldentums selbst infrage, bevor er einen Raketenangriff startet. Gerade als Doom zum tödlichen Schlag ausholt, materialisiert sich ein mysteriöser Geisterzug in der Realität. Dies ist der Zug der Vary-Dimension, ein kosmisches Fahrzeug, das erstmals in Ultra Q zu sehen war und verlorene Seelen durch das Multiversum trägt. Sowohl Spider-Man als auch der blinde Passagier Doctor Doom werden mitgerissen.

Doom tritt Peter aus dem Zug, sodass er in eine unbekannte Version von Tokio, Japan, stürzt. Dies ist eine Welt, in der riesige Monster namens Kaiju durch Städte toben und die Menschheit von einem silbernen Riesen des Lichts beschützt wird. Peter sieht voller Ehrfurcht zu, wie Shin Hayata sich in Ultraman verwandelt, um ein riesiges Echsen-Kaiju namens Peter zu bekämpfen. Anders als das zynische MCU, das er zurückgelassen hat, bietet diese neue Welt eine andere Philosophie. Spider-Man ist ein Held auf Straßenniveau, der von Schuld getrieben wird, um jede einzelne Person zu retten, aber er kämpft mit der binären Wahl, die Wenigen gegen die Vielen zu retten. Ultraman hingegen, der gottgleiche Kräfte besitzt, glaubt daran, alles Leben zu schützen, sogar die Kaiju. Er lehrt Peter, dass Konflikte nicht immer Zerstörung erfordern.

In der Zwischenzeit strandet Doctor Doom ebenfalls im Land des Lichts. Er begehrt die Macht des Riesen des Lichts und geht eine dunkle Allianz mit dem gerissenen Alien Mefilas ein, der eine Armee von Monstern aus dem Monsterfriedhof befehligt. Gemeinsam starten sie Experimente, um den Geist der Helden zu brechen, wobei sie sich auf die transformative Kraft des Verlangens konzentrieren.

Der erste große Handlungsbogen stellt Spider-Man und Ultraman gegen das Gehirnwellen-Kaiju Gango, das von einem einsamen, gemobbten Jungen namens Onita entdeckt wird. Gango hat die Fähigkeit, sich in alles zu verwandeln, was der menschliche Geist sich vorstellt. Onita, voller Groll, wünscht sich Rache und verwandelt die harmlose Kreatur in eine Waffe. Gango kopiert Spider-Mans Kräfte, und Onita nutzt es, um seine Mitschüler und Eltern anzugreifen. Spider-Man muss sich einem dunklen Spiegelbild seiner selbst stellen: einem Kind mit Macht, aber ohne Verantwortungsgefühl. In einem ergreifenden Höhepunkt erklärt Peter Onita, dass mit großer Macht große Verantwortung einhergeht, und lehrt den Jungen, dass Freundlichkeit, nicht Gewalt, einen Helden ausmacht. Der Akt der Freundlichkeit verwandelt Gango nicht in ein Monster, sondern in das Bild von Onkel Ben, was Peter einen Moment emotionaler Katharsis ermöglicht.

Dieser Sieg ist nur von kurzer Dauer. Doctor Doom greift ein. Nachdem er endlich die Macht von Ultraman für sich gestohlen hat, verwandelt er sich in eine monströse, gottgleiche Gestalt, die an seinen berüchtigten Auftritt in Secret Wars erinnert. Seiner Macht beraubt, fällt Shin Hayata in einen sterbenden Zustand zurück, bereit, die letzte Energie des Ultra zu opfern, um sein eigenes Leben zu retten. Alien Mefilas, der erkennt, dass Doom die Erde beherrschen will, anstatt sie zu teilen, wendet sich gegen seinen Verbündeten und entfesselt Kaiju wie Gomora und Red King, um ihn aufzuhalten. Als Doom diese Monster mühelos zerschmettert, taucht die Erzählung in Victor Von Dooms tragische Vergangenheit ein. Nachdem er seine Mutter durch einen dämonischen Pakt und seinen Vater durch die Grausamkeit eines Tyrannen verloren hat, strebt Doom nach absoluter Macht, um das Schicksal selbst zu kontrollieren.

Die Geschichte erreicht ihren Höhepunkt, als ein entmachteter Peter Parker einen sterbenden Shin Hayata in Sicherheit bringen muss. Mit Tokio in Trümmern und einem machthungrigen Doctor Doom, der sich selbst zum König eines neuen „Landes des Lichts“ erklärt, müssen Spider-Man und Ultraman einen Weg finden, ihn aufzuhalten, ohne die Macht, direkt gegen ihn zu kämpfen. Die Serie erforscht, ob menschliche Verbindung und gegenseitige Akte der Freundlichkeit Traumata so tief wie die von Doom heilen können, oder ob der Kreislauf der Gewalt nur gebrochen werden kann, indem man die binäre Wahl von Kampf oder Flucht zugunsten von Verständnis ablehnt.