Ein trauernder Biogenetiker, Professor Shinigami, verschmilzt die Zellen seiner verstorbenen Tochter mit denen ihrer Lieblingsrose. Als ein Erdbeben die Rose fast zerstört, verbindet er sie weiter mit Godzilla-Zellen, bekannt als G-Zellen, die die japanische Regierung nach dem vorherigen Angriff des Kaijus untersucht hatte, in der Hoffnung, die Pflanze unsterblich zu machen. Dieselben Terroristen, die zuvor den Professor ins Visier genommen hatten, suchen nun die wertvollen G-Zellen für sich selbst und drohen, Godzilla erneut freizusetzen, falls ihre Forderungen nicht erfüllt werden. Ihre Aktionen haben Erfolg und ziehen Godzilla zurück nach Japan. Der König der Monster bewegt sich instinktiv auf die genetisch veränderte Rose zu, die sich nun grotesk in eine kolossale, fühlende Pflanzenkreatur verwandelt hat. Dieses Wesen, genannt Biollante, besitzt sowohl immense Macht als auch eine Spur der Tochter des Professors und bereitet die Bühne für eine zerstörerische Konfrontation. Die Geschichte folgt dem japanischen Militär und der wissenschaftlichen Gemeinschaft, die zwischen zwei Monstern gefangen sind, während sie Themen wie Trauer, die ethischen Grenzen genetischer Manipulation und die unbeabsichtigten Folgen des Spiels der Menschheit mit Gott erforscht. Angesiedelt im zeitgenössischen Japan, entwickelt sich die Erzählung von einer stillen Labortragödie zu einer groß angelegten Monsterschlacht, die die Frage aufwirft, ob die Seele in Biollante nach Verbindung sucht oder einen Schrecken entfesselt, der mit Godzilla selbst konkurriert. Die primären Handlungsbögen umfassen die Erschaffung und Flucht von Biollante, den Plan der Terroristen, die G-Zellen an sich zu reißen, Godzillas Rückkehr und Amoklauf sowie die letzte, tragische Konfrontation zwischen den beiden Monstern.