Der Planet Cybertron droht durch ein gewaltiges Grand Schwarzes Loch vollständig vernichtet zu werden, was Galaxy Convoy, den Oberbefehlshaber der Autobots (in Japan Cybertrons genannt), dazu zwingt, eine Notfallevakuierung zur Erde anzuordnen. Während die Autobots sich auf den Aufbruch vorbereiten, erscheint der uralte Raum-Zeit-Wächter Vector Prime mit einer düsteren Warnung: Der einzige Weg, das Schwarze Loch zu verschließen und das Universum zu retten, ist, die vier mythischen Planetenkräfte zu sammeln. Diese Artefakte wurden aus dem Funken von Primus, dem Gott der Transformers, erschaffen und sind über die Galaxie verstreut. Bevor Vector Prime näher darauf eingehen kann, greift der Decepticon (Destron)-Kaiser der Zerstörung, Meister Megatron, an und stiehlt die Karte, die die Standorte der Planetenkräfte zeigt, und startet ein neues Rennen quer durch den Kosmos.

Die Geschichte folgt Galaxy Convoy und seinem Team, darunter dem aufrichtigen Vizekommandanten Dreadlock, dem hitzköpfigen Geschwindigkeitsfanatiker Excillion und dem erfahrenen Krieger Guardshell. Auf der Erde gesellen sich drei menschliche Teenager zu ihnen: der mechanisch begabte Coby, sein jüngerer, an Science-Fiction interessierter Bruder Bud und das Stadtmädchen Lori. Während die Autobots sich als Erd-Fahrzeuge tarnen, um verborgen zu bleiben, freunden sie sich mit den Kindern an, die zu entscheidenden Verbündeten in ihrer Mission werden. Die Decepticons werden vom machthungrigen Meister Megatron angeführt, begleitet von seinem ehrgeizigen und verräterischen Untergebenen Starscream und dem rauflustigen Thundercracker. Der mysteriöse Vector Prime bringt auch kleine, neugierige Roboter namens Microns mit, die gerne mit den menschlichen Kindern interagieren.

Die Erzählung erstreckt sich über mehrere einzigartige Welten, jede Heimat einer Planetenkraft. Die erste ist der geschwindigkeitsbesessene Planet Speedia, wo der Schlüssel der Hauptpreis in einem Rennwettbewerb ist. Als nächstes folgt der von Bestienmodi regierte Planet Animatros, wo der Diktator des Dschungelplaneten, Scourge, einen weiteren Schlüssel hortet. Die Suche führt zurück zur Erde nach ihrem versteckten Schlüssel und schließlich zum verlorenen, kolossalen Planeten Gigantion. Während die Autobots von Welt zu Welt eilen und sich mit lokalen Anführern wie Nitro Convoy und Flame Convoy anfreunden, müssen sie Megatrons Machenschaften und Starscreams Verrat überwinden. Ein bemerkenswerter Handlungsbogen beinhaltet die Kombination ihrer Kräfte, wie Galaxy Convoy, der sich mit dem Luftkrieger Wingsaber vereint, um zunehmend mächtigen Bedrohungen wie einem aufgeladenen Starscream entgegenzutreten.

Der Manga folgt den wichtigsten Handlungspunkten des Galaxy Force-Anime, jedoch in einer verkürzten Form. Da die Serie nach neun Ausgaben im Comic Bom Bom vorzeitig eingestellt wurde, endet der Manga mit einem „offenen“ Abschluss. Er endet mit einer dramatischen Doppelseite, die Optimus Prime und Wingsaber zeigt, wie sie den übermächtigen Starscream besiegen. Dieses abrupte Ende bedeutet, dass die Erzählung die letzten Handlungsbögen nicht abdeckt, die die Rettung von Gigantion, die Enthüllung des mysteriösen Planeten X oder den Höhepunkt des Endkampfes gegen einen verwandelten Meister Galvatron umfassen, sodass die übergeordnete Suche unvollendet bleibt.