Vor der Gründung des Teams, das als X-Men bekannt wurde, leben fünf junge Mutanten in Angst und Verwirrung, kämpfen darum, ihre aufkeimenden Fähigkeiten zu kontrollieren, während sie einer Welt gegenüberstehen, die sie fürchtet und hasst. Cyclops, Jean Grey, Iceman, Beast und Angel sind isolierte Jugendliche, deren Kräfte sie auszeichnen und zu Zielen von Vorurteilen machen. Während die anti-mutanten Stimmung wächst, beginnt Professor Charles Xavier, nach diesen begabten Individuen zu suchen, und sieht in ihnen das Potenzial, eine Kraft für Einheit und Frieden zu werden. In der Zwischenzeit nimmt der mächtige Mutant Magneto eine gegensätzliche Haltung ein und glaubt, dass Mutanten dominieren müssen, anstatt mit der Menschheit zu koexistieren. Xavier, der sich als Schulkoordinator ausgibt, rekrutiert jeden der fünf Teenager und bietet ihnen einen sicheren Hafen und Training an seiner Schule für begabte Jugendliche. Die Geschichte taucht ein in die persönlichen Kämpfe und frühen Abenteuer dieser ursprünglichen X-Men, während sie lernen, ihre Kräfte zu meistern und sich sowohl äußeren Bedrohungen als auch ihren eigenen Zweifeln zu stellen. Zu den wichtigsten Handlungsbögen gehören die ersten Begegnungen zwischen Xavier und Magneto, das Zusammenwachsen des Teams unter Xaviers Mentorschaft und die frühen Missionen, die die Grundlage für das Vermächtnis der X-Men legen. Die limitierte Serie bietet einen tieferen Einblick in die Ursprünge der Kerncharaktere und den ideologischen Konflikt, der ihre Welt definiert.