In der grünen Stadt Kazamatsuri, wo Natur und Zivilisation miteinander verwoben sind, verbirgt der Oberschüler Kotarou Tennouji ein Geheimnis: Er besitzt die Fähigkeit, seine eigene Physiologie dauerhaft umzuschreiben, was ihm auf Wunsch übermenschliche Stärke und Geschwindigkeit verleiht. Vom Übernatürlichen angezogen, tritt Kotarou dem Okkultclub der Schule bei, wo er gemeinsam mit fünf Mädchen mysteriösen Phänomenen nachgeht – jede mit ihren eigenen verborgenen Fähigkeiten und Verbindungen zu einem tieferen Konflikt. Zusammen mit seiner Kindheitsfreundin Kotori Kanbe und dem ausgelassenen Haruhiko Yoshino entwirrt sich Kotarous alltägliches Leben bald. Die scheinbar friedliche Stadt ist ein Schlachtfeld zwischen zwei geheimen Organisationen: Gaia, die Vertraute beschwört, um die natürliche Ordnung des Planeten wiederherzustellen, und Guardian, eine Gruppe übermenschlicher Krieger, die die Menschheit beschützen wollen. Als Kotarou in die Ermittlungen des Clubs eintaucht, wird er in einen jahrhundertealten Kampf um die Zukunft der Welt verwickelt. Die Geschichte folgt dem Terra-Erzählbogen, der wahren Route des ursprünglichen Visual Novels, in dem Kotarou sich seinen eigenen Ursprüngen, der Natur seiner Umschreibfähigkeit und dem schwer fassbaren Mädchen Kagari stellen muss, das den Schlüssel zur Rettung des Planeten in Händen hält. Durch Kämpfe, Verrat und Offenbarungen muss Kotarou entscheiden, ob er sich auf die Seite von Gaia, Guardian stellt oder einen Weg einschlägt, der das Schicksal selbst umschreibt.