Tief in einem geheimen Dschungel, weit entfernt von jeder menschlichen Siedlung, liegt der Wald von Okoya, ein üppiges Pokémon-Paradies, das sowohl wunderschön als auch friedlich ist, aber von strengen Regeln regiert wird. Die wichtigste dieser Regeln besagt, dass der dort lebende Zarude-Stamm niemals Kontakt zu Menschen haben darf. Zehn Jahre vor den Hauptereignissen der Geschichte entdeckt ein einsames Zarude ein menschliches Kleinkind, das in einer Wiege ausgesetzt wurde und an einem Flussufer angeschwemmt wurde. Unfähig, das Kind sterben zu lassen, widersetzt sich das Zarude dem Gebot des Stammes, verlässt die Gruppe und zieht das Baby als seinen eigenen Sohn auf, dem es den Namen Koko gibt. Der Manga folgt Kokos Kindheit, während er aufwächst und glaubt, ein Pokémon zu sein, lernt, durch die Bäume zu schwingen, mit wilden Pokémon zu kommunizieren und in Harmonie mit dem Dschungel unter der schützenden Obhut des Zarude zu leben, das zu seinem Elternteil geworden ist. Koko bleibt völlig isoliert von der menschlichen Welt und ist sich seiner wahren Herkunft nicht bewusst. Der erzählerische Bogen konzentriert sich auf die Bindung zwischen den beiden, die Spannung zwischen der Liebe des Zarude zu Koko und den unnachgiebigen Regeln des Stammes sowie die allmählichen Andeutungen einer bevorstehenden Veränderung, als Koko zu spüren beginnt, dass er anders ist als die Pokémon um ihn herum. Die Geschichte gipfelt in den ersten Anzeichen dafür, dass diese abgeschiedene Existenz bald gestört wird, was die Bühne für Kokos schließliche Begegnung mit der Außenwelt und die Reise bereitet, die seine Identität neu definieren wird. Die Hauptfiguren sind Koko, ein menschlicher Junge, der als wildes Kind im Dschungel aufwächst, und Dada Zarude, das Mythische Pokémon, das die Familie über die Tradition stellte. Der Schauplatz ist der Wald von Okoya, ein verstecktes Dschungelheiligtum, das von einem Großen Baum beherrscht wird und von einer Vielzahl wilder Pokémon bewohnt wird, einschließlich des Zarude-Stammes.