Die fünfzehnjährige Sei Saotome hat ein Talent dafür, in den ungünstigsten Momenten zu versagen. Nach einer katastrophalen Aufnahmeprüfung für die Oberschule landet sie an einer brutalen, anspruchsvollen Schule, an der sie völlig überfordert ist. Sie kämpft mit dem Unterrichtsstoff und findet keinen Anschluss zu ihren Mitschülern, fühlt sich völlig isoliert. Alles ändert sich, als sie auf zwei sehr unterschiedliche Jungen trifft: Taiyou Udagawa, einen scharfzüngigen Top-Schüler mit selbstbewusstem Auftreten, und Mizuki Ootaka, einen stillen, astronomiebesessenen schönen Jungen. Als Mizuki bemerkt, dass Seis Name wie der Stern Spica im Sternbild Jungfrau klingt, verliebt sie sich sofort in ihn. Mizuki lädt sie ein, dem Astronomieclub beizutreten, der derzeit nur aus ihm und Taiyou besteht. Verzweifelt auf der Suche nach einem Ort, an dem sie dazugehört, nimmt Sei an, und ihr zuvor tristes Schulleben beginnt sich aufzuhellen.

Die Geschichte spielt an einer leistungsorientierten Oberschule, wobei der Astronomieclub als zentrale Bühne für die Beziehungen der Charaktere dient. Die Aktivitäten des Clubs, von Beobachtungen nach der Schule bis zu einem Sommer-Trainingslager, bilden den Hintergrund für ihre verflochtenen Gefühle. Seis offene Schwärmerei für den sanften und verträumten Mizuki ist die anfängliche Dynamik, aber als sie mehr Zeit mit der Gruppe verbringt, beginnt Taiyou, der zunächst genervt von ihr wirkt, eigene Gefühle zu entwickeln. Ein kritischer Handlungsbogen führt einen früheren Vorfall zwischen Mizuki und Taiyou ein, bei dem es um ein Mädchen ging, der Mizuki misstrauisch gegenüber Frauen gemacht hat. Diese Vergangenheit zögert Taiyou hinaus, Sei nachzustellen, da er zuvor versprochen hatte, sich nicht in Mizukis Chancen einzumischen. Die Spannung eskaliert, als ein älterer Schüler namens Subaru Misono während des Sommerlagers einen Annäherungsversuch bei Sei unternimmt, was Taiyou dazu veranlasst, vehement zu erklären, dass er diesmal nicht nachgeben wird. Dies bringt beide Jungen dazu, Sei ihre Gefühle zu gestehen, sodass sie zwischen ihnen hin- und hergerissen ist.

Im Verlauf der Serie muss Sei sich ihren eigenen Emotionen stellen und eine Wahl treffen. Die Geschichte folgt dem Paar durch die Höhen und Tiefen einer ersten Liebe, einschließlich des Auftauchens von Taiyous Ex-Freundin Saki Amagawa, die weitere Komplikationen verursacht. Die Handlungsbögen erkunden die Herausforderungen, eine Beziehung angesichts von Familienumzügen, Zukunftsambitionen und persönlichem Wachstum aufrechtzuerhalten. Der Manga endet mit dem Abschluss der Charaktere und dem Verfolgen ihrer jeweiligen Träume, wobei Sei eine medizinische Universität anstrebt und Taiyou in Amerika zum Arzt ausgebildet wird, um letztendlich eine gemeinsame Zukunft aufzubauen. Die vollständige Geschichte erstreckt sich von ihrer ersten Begegnung bis zur Vertiefung ihrer Bande, dargestellt vor der Kulisse des Nachthimmels.