Im Winter 1980 versucht der zwölfjährige Saburo Morita, ein normales Leben zu führen, doch das Bizarre findet ihn immer wieder. Ein fast nackter Mann mit einem Samurai-Haarschnitt taucht in seiner Stadt auf, und sein exzentrischer Wissenschaftler-Vater hat eine Zeitmaschine fertiggebaut, die wie eine riesige metallene Tabakspfeife aussieht. Vor einem ordentlichen Test stürzt ein Raumschiff vor ihrem Haus ab. Der sterbende Pilot, ein Japaner, gibt Saburos Vater ein Buch und warnt vor einem Krieg zwischen Menschen und einer außerirdischen Rasse, den er durch Zeitreisen zu verhindern versuchte. Er stirbt, und Saburos Vater entschlüsselt Koordinaten zur Bucht von Tokio, Juli 2050.

Saburo, sein Vater und seine Klassenkameradin Kyoko Aoki besteigen die Pfeifenmaschine, aber der seltsame halbnackte Ausländer klammert sich daran fest, verlangt das Buch – das er die Bibel nennt – und beschädigt die Maschine. Im Chaos wird Saburo allein herausgeschleudert und kommt zwei Monate zu früh an, im April 2050. Er wacht in einem seltsamen unterirdischen Komplex auf, begrüßt von einem Mädchen namens Kanata, das genauso aussieht wie Kyoko, aber nicht sie ist. Als er an die Oberfläche geht, findet er einen aschgrauen, schwarzen Himmel und Roboter, die nach Identifikation verlangen. Die Bucht von Tokio ist kaum sichtbar, und es gibt kein Lebenszeichen.

Saburo wird von den unterirdischen Bewohnern aufgenommen, die ihn zunächst beschuldigen, aus dem wohlhabenden Yamanote-Viertel zu stammen. Kanata führt ihn zum Professor, der erklärt, dass die Ozonschicht vor Jahrzehnten zusammengebrochen sei und tödliche UV-Strahlen eindringen ließ. Die Menschheit baute Anlagen, die einen speziellen Rauch produzieren, um die Sonne zu blockieren, aber die Luft ist jetzt aschig, kalt und nicht atembar, was die meisten Überlebenden unter die Erde zwingt. Der Professor glaubt, dass Saburo wirklich aus der Vergangenheit kommt, und nimmt ihn in die Gemeinschaft auf. Der Band endet mit einer Aufnahme der abgestürzten Pfeifenmaschine, die Saburo in dieser dystopischen Zukunft gestrandet zurücklässt, getrennt von seiner Familie und umgeben von Geheimnissen – der wahren Natur des Alien-Kriegs, dem Zweck der vier Artefakte und der Identität des verfolgenden Ausländers. Die Geschichte vermischt slapstickartige Absurdität mit einer langsamen Science-Fiction-Erzählung und erkundet den Umweltkollaps, Klassengegensätze und den Kampf eines Jungen, zu überleben und sich mit denen zu vereinen, die er liebt.