In einer Welt, die um Brot und Backwaren herum aufgebaut ist, arbeitet der gutherzige Bäcker Jam Ojisan unermüdlich in seiner Brotfabrik und träumt davon, lebendiges Brot zu erschaffen. Nach unzähligen gescheiterten Experimenten fällt ein wundersamer Lebensstern vom Himmel und trifft seinen Ofen, wodurch das Anpan, das er gerade backt, zum Leben erwacht. Diese Kreatur, genannt Anpanman, ist ein Superheld mit einem Kopf aus Anpan, einem süßen Brötchen gefüllt mit roter Bohnenpaste. Er widmet sich der Aufgabe, mit seinem roten Umhang über das Land zu fliegen und nach jedem zu suchen, der hungrig, einsam oder in Schwierigkeiten ist. Seine charakteristische Heldentat besteht darin, ein Stück seines eigenen Kopfes abzureißen und es den Bedürftigen anzubieten, im Glauben, dass die wahrste Form der Gerechtigkeit darin besteht, die Hungrigen zu füttern, selbst wenn es ihn schwächt.

Die Hauptszenerie ist eine fröhliche, pastorale Welt, die sich um Jam Ojisans Brotfabrik dreht, in der eine große Besetzung von figuren auf Lebensmittel- und Tierbasis lebt. Anpanmans engste Verbündete sind der hitzköpfige, aber mutige Currypanman, dessen Kopf ein Currybrot ist, und der elegante und sanfte Shokupanman, dessen Kopf ein quadratischer Laib Brot ist. Sie werden unterstützt von Batako, Jam Ojisans aufgeregter, aber treuer Assistentin, und Cheese, einem Hund, der Anpanmans ergebener Freund wurde, nachdem er vor dem Verhungern gerettet wurde. Der Hauptgegner ist Baikinman, ein selbsternannter genialer Erfinder vom Baikin-Stern, der einem Keim oder Bakterium ähnelt. Er schmiedet ständig Pläne, um Anpanman zu zerstören und Schmutz und Unfug zu verbreiten, und steuert verschiedene Mechas von seiner geheimen Basis aus. Ihm zur Seite steht Dokin-chan, ein verwöhntes und egoistisches Mädchen, das hoffnungslos in Shokupanman verliebt ist und oft aus Eifersucht oder Laune gegen die Pläne ihres eigenen Bruders handelt.

Anpanman hat eine bedeutende Schwäche: Seine Kraft schwindet, wenn sein Kopf beschädigt, verschmutzt oder nass ist. Wann immer er geschwächt in die Brotfabrik zurückkehrt, backt Jam Ojisan ihm einen frischen neuen Kopf, der ihn belebt, damit er seine Kämpfe fortsetzen kann. Dieser Kreislauf aus Opfer und Erneuerung ist zentral für die Erzählung. Die Handlungsbögen erweitern sich, wenn mehr Charaktere eingeführt werden: Melonpanna, eine süße und sanfte Freundin; ihre Schwester Rollpanna, die mit einer gespaltenen Persönlichkeit kämpft; und viele andere, die aus der japanischen Küche, Tieren und Märchenmotiven stammen. Die Konflikte sind typischerweise episodisch: Baikinman startet einen Plan, um die Stadt zu übernehmen oder das Land zu verderben, und Anpanman und seine Freunde sammeln sich, um ihn aufzuhalten, wobei sie oft ihre eigenen persönlichen Fehler oder Ängste überwinden. Jedem Abenteuer liegt eine konsistente Philosophie zugrunde, die aus den Kriegserfahrungen des Schöpfers stammt: dass wahrer Heldentum nicht darin besteht, einen Feind mit Gewalt zu besiegen, sondern sich selbst zu geben, um das Leid anderer zu lindern.