Riki Naoe, ein Oberschüler mit einer Erkrankung, die ihn plötzlich einschlafen lässt, und seine Kindheitsfreundin Rin Natsume haben gerade ihr neu formiertes Baseballteam, die Little Busters, zum Sieg geführt. Diese Gruppe wurde ursprünglich aus einer Laune heraus von Rins älterem Bruder Kyousuke gegründet und umfasst Masato Inohara, Kengo Miyazawa und später mehrere andere Mitschüler. Doch die Geschichte endet hier nicht. Seltsame Ereignisse beginnen: Die Mitglieder der Little Busters entfernen sich voneinander, und Riki versucht, sie wieder zusammenzubringen, genau wie Kyousuke es tat, als die Gruppe gegründet wurde. Gleichzeitig erhält Rin mysteriöse Briefe, die von einer weißen Katze namens Lennon überbracht werden und sie anweisen, Aufgaben zu erfüllen, die auf eine verborgene Wahrheit hindeuten.

Als Riki und Rin voranschreiten, wird die Welt um sie herum zunehmend unwirklicher. Ereignisse, die hätten stattfinden sollen, werden ausgelöscht, und die Grenze zwischen dem, was real ist, und dem, was erfunden ist, verschwimmt. Der zentrale Konflikt dreht sich um das Geheimnis dieser Welt: Die gesamte Erfahrung, die Riki und seine Freunde durchleben, ist eine konstruierte Realität, ein Traum, den Kyousuke erschaffen hat, um Riki und Rin zu helfen, ihre tiefsten emotionalen Schwächen zu überwinden. Riki leidet unter dem Trauma, seine Eltern verloren zu haben, und Rin wird von Schüchternheit und Angst vor anderen gelähmt. Um sie zu retten, baute Kyousuke eine Welt, in der sie stark genug werden konnten, um der Wahrheit ins Auge zu sehen.

Die Erzählung konzentriert sich auf Rikis und Rins Reise zu dieser Stärke. Sie müssen sich ihren eigenen Grenzen stellen und einander helfen, die Prüfungen zu überleben, die Kyousuke aufgestellt hat. Die anderen Little-Busters-Mitglieder – Komari Kamikita, Kudryavka Noumi, Yuiko Kurugaya, Haruka Saigusa und Sasami Sasasegawa – spielen jeweils eine Rolle in diesem Prozess, wobei ihre eigenen Kämpfe und Bindungen als Lektionen dienen. Am Ende müssen Riki und Rin allein dastehen, um die Traumwelt zu zerstören und ihre Freunde zu retten, und den Schmerz der Realität akzeptieren, um wirklich erwachsen zu werden. Der Manga adaptiert die Refrain-Route aus dem ursprünglichen Visual Novel von Key und verfolgt diesen emotionalen und psychologischen Bogen bis zu seinem Höhepunkt.