Nach dem Sieg in der entscheidenden Schlacht der Katzenebene und der Eroberung der Festungsstadt E-Rantel hat der untote Zauberer Ainz Ooal Gown formell das Zaubererkönigreich gegründet, eine neue Nation, die er als absoluter Monarch regiert. Seine erklärte Vision ist eine ewige Utopie, in der unzählige Arten vor ihm knien und unter seiner Herrschaft koexistieren. Der Manga folgt seinen Bemühungen, dieses Ideal durch Staatskunst, Diplomatie und militärische Expansion in die konkrete Realität umzusetzen.

Die Geschichte verläuft in mehreren großen Handlungsbögen. Im ersten besucht Ainz die Abenteurergilde in E-Rantel und trifft deren Meister, Plauton Ainzach. Er schlägt vor, die Gilde als Arm des Staates zu stärken und zu zentralisieren, wobei Abenteurer als Werkzeug für Propaganda, Informationsbeschaffung und Talentgewinnung dienen sollen. Um diesen Einfluss ins Ausland auszudehnen, reist Ainz mit Ainzach ins Baharuth-Imperium. Dort trifft er auf das riesige imperiale Kolosseum und dessen Betreiber Osk und erklärt sich bereit, gegen den Champion des Kolosseums, einen als Kriegskönig bekannten Krieger, zu kämpfen. Der Kampf ist eine einseitige Demonstration von Ainz' überwältigender Macht, die seine Legende weiter festigt und den Herrscher des Imperiums, Kaiser Jircniv Rune Farlord El-Nix, einschüchtert. Jircniv, bereits nach dem Fall des Königreichs misstrauisch gegenüber Ainz, deutet jede seiner Bewegungen fälschlicherweise als Teil eines großen Plans und sucht verzweifelt nach Gegenmaßnahmen, wobei er sich unbeabsichtigt tiefer in Ainz' Einflussbereich verstrickt.

Im nächsten Handlungsbogen erfährt Ainz von der Existenz der Runenmagie, einem einheimischen System, das sich von der Magie Yggdrasils unterscheidet. Da er darin eine potenzielle Verbindung zu seiner früheren Welt und ein wertvolles Gut sieht, reist er ins Zwergenkönigreich in den nördlichen Bergen. Er bringt Shalltear Bloodfallen als Begleiterin mit, um ihre einschüchternde Präsenz als Druckmittel zu nutzen. Er findet das Zwergenkönigreich in Trümmern vor, seine Hauptstadt von den Quagoa, einer Rasse intelligenter maulwurfsähnlicher Kreaturen, überrannt und seine überlebenden Führer in Verzweiflung zusammengedrängt. Ainz verhandelt mit dem Zwergenregentschaftsrat, nutzt deren Schwäche aus, um günstige Bedingungen zu erwirken, und führt dann einen Feldzug zur Rückeroberung der Hauptstadt von den Quagoa und einem dort hausenden Frostdrachen an, womit er seinen Teil der Abmachung erfüllt.

Zu den Hauptfiguren gehören Ainz Ooal Gown selbst, ein ehemaliger Angestellter, der nun den skelettartigen Overlord-Avatar seines Max-Level-Spielfiguren bewohnt; er ist vorsichtig, methodisch und ständig besorgt, den Anschein von Allwissenheit zu wahren. Albedo, die Sukkubus-Aufseherin der Wächter von Nazarick, dient als seine ergebene und eifersüchtige Premierministerin. Die Vampirin Shalltear Bloodfallen, die Gebietswächterin der ersten drei Ebenen, wird trotz des anhaltenden Traumas eines früheren Gedankenkontrollvorfalls auf heikle Missionen geschickt. Kaiser Jircniv bietet ein menschliches Gegenstück, einen gerissenen Herrscher, der zunehmend paranoid wird, als jeder seiner Pläne gegen das Zaubererkönigreich perfekt scheitert. Der Abenteurer Plauton Ainzach und der Krieger Gondo repräsentieren gewöhnliche Bewohner der Welt, die zwischen Ehrfurcht und Schrecken gefangen sind.

Die Handlung erweitert sich von den menschenzentrierten Königreichen der früheren Geschichte um die Zwergenbergwerke, die kaiserliche Hauptstadt mit ihrem Kolosseum und das Grenzland zwischen den Nationen. Thematisch erforscht der Manga die Mechanismen der Herrschaft über einen Vielvölkerstaat, die Last absoluter Macht und die schwarze Komödie, wenn Ainz' Untergebene seine beiläufigen Bemerkungen als tiefgründige Befehle interpretieren, was zu Ergebnissen führt, die weit über seine Absichten hinausgehen. Die Erzählung balanciert politische Manöver, gelegentliche groß angelegte Schlachten und Vignetten des Alltagslebens im Zaubererkönigreich aus, während es weiter wächst und die vorsichtige Aufmerksamkeit der umliegenden Mächte auf sich zieht.