Die Polizistin Kiku Shinonome ist eine neunzehnjährige Frau, die bei der Untersuchung eines Falles eine lebensbedrohliche Verletzung erleidet. Da die moderne Medizin sie nicht retten kann, wird sie für sechzig Jahre in kryogenen Tiefschlaf versetzt. Als sie schließlich erwacht, hat sich Japan drastisch verändert: Die öffentliche Polizei, der sie einst diente, wurde durch private Sicherheitskonzerne ersetzt. In dieser fremden Welt ist Kiku gezwungen, mit Kyo Tsukisagari zusammenzuarbeiten, einem berüchtigten Kriminellen mit einer langen Vorstrafenliste, der mächtige psychische Fähigkeiten besitzt, die als Spezialfähigkeiten oder Tokunou bekannt sind. Trotz ihrer gegensätzlichen Persönlichkeiten werden die beiden damit beauftragt, übernatürliche Vorfälle zu lösen, und bilden ein ungewöhnliches, aber effektives Partnerduo.

Die Geschichte entfaltet sich über mehrere große Handlungsbögen. Früher untersuchen Kiku und Kyo eine Reihe mysteriöser Vorfälle an einer Mädchenschule, was zu einer Konfrontation mit einem versteckten Täter führt. Später wird eine riesige schwimmende Flughafenstadt namens AAC von einem Paar terroristischer Zwillinge, den Tsubaki-Schwestern, gekapert, was einen Zwei-gegen-Zwei-Kampf zur Rückeroberung der Anlage auslöst. Im folgenden Blackworks-Bogen wird Kyo von einer privaten Polizeigesellschaft namens Blackworks gefangen genommen und festgehalten. Kiku schließt sich mit einer beeindruckenden freiberuflichen Offizierin namens Kuchinawa zusammen, um die Zentrale des Unternehmens zu stürmen und ihren Partner zu retten, wobei sie sich mächtigen Tokunou-Nutzern wie Marberi stellen muss. Nachdem Kyo sicher zurückgebracht wurde, genießt das Duo eine kurze Zeit des Friedens, doch eine neue Bedrohung taucht auf: Shin'in Leon, ein Tokunou-Krimineller der Klasse acht, dessen Stärke die Bindung zwischen Kiku und Kyo auf die Probe stellt. Im Laufe dieser Ereignisse vertieft sich ihre Beziehung, während sie lernen, einander zu vertrauen und sich aufeinander zu verlassen, selbst als die Welt um sie herum gefährlicher wird.