Von seinen Eltern verlassen und während der gesamten Highschool unerbittlich gemobbt, findet der einsame Teenager Mikazuki Kenya seine einzige Zuflucht in der virtuellen Realität des weltweit beliebten Mech-Kampfspiels Knight of the Giant, kurz KOG. Im erzählerischen Modus des Spiels entwickelt er eine tiefe Bindung zu zwei Heldinnen: Kaguya, einem feurigen und leidenschaftlichen Mädchen aus dem eroberten Reich Yamato, das mit einer Widerstandsbewegung kämpft, und Reina, einer kühlen und gefassten Prinzessin aus dem herrschenden Earthgards-Imperium. Die mit ihnen verbrachte Zeit wird zu seiner einzigen Quelle emotionaler Erlösung, und er verliebt sich aufrichtig in beide. Das Skript des Spiels enthält jedoch einen grausamen Fixpunkt: An einem entscheidenden Moment zu Beginn der Geschichte ist eine der beiden Heldinnen dazu bestimmt zu sterben, und egal welche Route der Spieler wählt, die andere geht verloren. Da er sich weigert, dieses Ergebnis zu akzeptieren, widmet Kenya sein ganzes Leben der Meisterschaft von KOG, treibt seine Reflexe und sein taktisches Wissen bis an die absoluten Grenzen in einer obsessiven Suche nach einer versteckten Route, auf der beide überleben können. Nach unzähligen Versuchen erreicht er schließlich einen unmöglichen Sieg gegen ein vorprogrammiertes Niederlagenereignis und gewinnt einen aussichtslosen Kampf gegen überwältigende Übermacht. Diese Errungenschaft schaltet eine neue Route frei, und in diesem Moment wird er abrupt in die Welt von KOG selbst versetzt. Als er sich in dem Spiel wiederfindet, das er in- und auswendig kennt, schreibt sich Kenya an der Knight Training School des Special District Colony 13 ein, entschlossen, sein enzyklopädisches Wissen über die Handlung und seine gottgleichen Pilotenfähigkeiten zu nutzen, um das Schicksal umzuschreiben. Der zentrale Konflikt der Geschichte dreht sich um das Eintreffen des gefürchteten Verlustereignisses, eines Kampfes, in dem er allein hundert feindliche Mechs besiegen muss, um die Ereigniskette zu verhindern, die zum Tod einer Heldin führt. Indem er dieses aussichtslose Szenario erfolgreich umkehrt, lenkt er die Geschichte auf einen völlig neuen Kurs und zwingt die Welt, auf einen Spieler zu reagieren, der sich weigert, dem vorgegebenen Skript zu folgen. Die Erzählung erforscht seine Beziehung zu beiden Heldinnen, während er sich in einer Welt voller imperialer Unterdrückung, Widerstandsbewegungen, politischer Intrigen und großangelegter Mech-Kämpfe bewegt, alles im Wettlauf gegen die tragischen Fristen der ursprünglichen Geschichte.