Die Geschichte spielt auf der schwimmenden Insel Yen, die eine magische Schule beherbergt, etwa dreihundert Jahre vor den Ereignissen von Lunar: The Silver Star. Sie folgt Elie und Rena, zwei Mädchen aus der Bauernstadt Burg, die zusammen mit ihrer Klassenkameradin Senia, einer Biestfrau, angeworben werden, um die Schule zu besuchen. Sie werden der problematischsten Klasse zugeteilt, deren Schüler laut und undiszipliniert sind. Während das Trio das Schulleben meistert, stellt es sich Herausforderungen sowohl durch ihre exzentrischen Lehrer als auch durch eine Gruppe von Tyrannen, Ant, Kule und Rick. Später stößt ein ruhiger, aber von Natur aus begabter Magier namens Wing zur Klasse.

Die Erzählung konzentriert sich darauf, dass die Schüler lernen, zusammenzuarbeiten und einander zu verstehen. Ihre Abenteuer eskalieren, als der Stamm der Vile, angeführt vom machthungrigen Memphis und seinem Stellvertreter Barua, die Insel und die Schule bedroht. Die Schüler müssen ihre Differenzen beiseitelegen und ihre sich entwickelnden magischen Fähigkeiten einsetzen, um ihr Zuhause zu schützen. Zu den wichtigsten Handlungsbögen gehören die anfänglichen Kämpfe der Gruppe, in der chaotischen Schule Ordnung zu finden, die sich vertiefenden Freundschaften unter den Hauptfiguren und die schließliche Konfrontation mit dem Stamm der Vile, die sie zwingt, von zankenden Klassenkameraden zu einem zusammenhaltenden Team heranzuwachsen, das Yen verteidigen kann.