Die Handlung spielt in der Welt von Lunar zwischen der Niederlage der kosmischen Entität Zophar und dem Epilog von Lunar 2: Eternal Blue. Ein junges Mädchen namens Alice wird unerbittlich vom Magier Ghaleon und der Drachenpriesterin Xenobia verfolgt, aus Gründen, die unklar bleiben. Sie freundet sich mit dem Abenteurer Hiro und seinem geflügelten katzenartigen Begleiter Ruby an, die beschließen, sie zu beschützen. Gemeinsam mit ihren Verbündeten müssen sie das Geheimnis hinter Alices Verbindung zum anhaltenden Konflikt lüften und sich den Kräften stellen, die sie jagen. Die Geschichte erforscht die nachwirkenden Folgen von Zophars Niederlage und die Bemühungen der Charaktere, einen fragilen Frieden zu bewahren. Hiro, Ruby, Ghaleon und Xenobia sind die Hauptfiguren, wobei Alice als Katalysator für das Abenteuer dient. Die Erzählung erstreckt sich über sieben Kapitel und konzentriert sich auf Action, Fantasy und die unter Bedrohung geschmiedeten Bindungen.