Im Jahr 2011 ist die Stadt Tokio zum unangefochtenen Zentrum der Welt geworden, einem Schmelztiegel aller Rassen, Industrien und Kulturen. Das explosive Wachstum der Stadt geht einher mit einem Anstieg der Gewaltkriminalität, was die Regierung dazu veranlasst, eine zweite, elitäre Polizeieinheit zu gründen, die sogenannte Geo-Polizei, die sich ausschließlich der Bekämpfung der gefährlichsten Straftäter widmet. Dieser Einheit wird Joe Nogi zugeteilt, ein ehemaliger New Yorker Polizeidetektiv, der während seines Dienstes von einem kriminellen Syndikat erschossen wurde. Sein unerbittlicher Hass auf Verbrechen und sein unerschütterlicher Gerechtigkeitssinn überzeugten seine Vorgesetzten, ihn als Cyborg wiederaufzubauen, was ihm übermenschliche Stärke, Geschwindigkeit und Widerstandsfähigkeit verleiht.

Joe erwacht in Tokio ohne Erinnerung an seine Verwandlung und erkennt erst allmählich das Ausmaß seiner mechanischen Verbesserungen. Als Mitglied der Geo-Polizei nutzt er seine neuen Kräfte, um gegen eine Reihe eskalierender Bedrohungen vorzugehen, darunter eine schattenhafte amerikanische Organisation, die versucht, eine biologische Waffe zu militarisieren, und eine Terrorzelle, die plant, die Kontrolle über die nationale Regierung zu übernehmen. Trotz seiner Erfolge beginnt Joe mit einer tiefen persönlichen Angst zu kämpfen: dass seine unkontrollierbaren Cyborg-Fähigkeiten eines Tages den Kollegen und Zivilisten schaden könnten, die zu beschützen er geschworen hat.

Dieser innere Konflikt verschärft sich, als eine routinemäßige Untersuchung eine Verschwörung aufdeckt, die darauf abzielt, die Geo-Polizei von innen heraus zu zerstören. Der Drahtzieher hinter dem Plan ist eine geheime Organisation namens Again, dieselbe Gruppe, die Joes Cyborg-Operation durchgeführt hat. Nun muss Joe sich seinen Schöpfern stellen, mit der Frage nach seiner eigenen Menschlichkeit ringen und sich entschlossen zeigen, seine Kollegen und die Stadt, die er sein Zuhause genannt hat, zu verteidigen. Die Geschichte steuert auf einen letzten, verzweifelten Kampf zu, in dem Joes Vergangenheit, seine Kräfte und seine Loyalität auf die ultimative Probe gestellt werden.