Im Jahr 2410 ist der ferne Planet Tinos eine raue Welt, auf der die Menschheit ohne ein in die Brust implantiertes Lebenserhaltungsgerät namens Biomatrix nicht überleben kann. Die Planetare Regierung, auch Sternenregierung genannt, kontrolliert streng die Produktion und Zulassung dieser Geräte und nutzt sie, um Gehorsam zu erzwingen. Diejenigen, die sich widersetzen, werden als die Verlorenen gebrandmarkt und systematisch ausgelöscht, zusammen mit ihren Kindern – den Verlorenen Nummerierten Kindern.

Der siebzehnjährige Blue ist eines dieser Verlorenen Nummerierten Kinder und lebt im heruntergekommenen Neunten Bezirk der Schrottstadt. Als er versucht, eine Biomatrix zu beschaffen, um ein sterbendes Kleinkind in seiner Gruppe zu retten, wird er von Regierungsagenten gefangen genommen und hingerichtet. Doch Blue wird von einem veralteten, kugelförmigen Roboter namens Fats gerettet, der einen Prototyp der Neo Matrix trägt – ein Lebenserhaltungssystem der nächsten Generation, das den menschlichen Körper ohne äußere Hilfe an Tinos anpassen kann. Fats verschmilzt mit Blue, erweckt ihn als Cyber-Wesen wieder – einen Hybriden aus Mensch und Maschine mit übermenschlicher Stärke, kugelsicherer Haut, der Fähigkeit, in die Erinnerungen anderer einzudringen, und dem Potenzial, sich durch Mutation weiterzuentwickeln.

Wiedergeboren als Cyber Blue macht er sich nun daran, die verbliebenen Verlorenen Nummerierten Kinder zu beschützen und die Sternenregierung zu stürzen. Auf seinem Weg wird er von Maria unterstützt, einer Regierungsbeamtin, die heimlich mit den Verlorenen sympathisiert und später ihre eigene verborgene Vergangenheit als Verlorenes Nummeriertes Kind offenbart. Der Anführer der Regierung, Cliff, versucht, die Neo Matrix an sich zu reißen, und entfesselt eine Reihe von Schrecken: biotechnisch erschaffene Chimären, genetisch veränderte Kindersoldaten wie Emiliano und Elite-Agenten wie den Cyborg-Soldaten Jin Cykes, einen ehemaligen Verlorenen, der seine Lieben in einem früheren Aufstand verlor und nun blind an die Gerechtigkeit der Regierungssache glaubt.

Band für Band kämpft Blue sich durch immer brutalere Begegnungen – gegen einen raketenfeuernden Mech, gesteuert vom effeminierten Colonel Kokoro; gegen das überhitzte Bio-Wesen, entzündet durch den Firefly-Parasiten; und gegen Jin in einem entscheidenden Duell, in dem Maria sich opfert, um Blues Neo Matrix nach deren Deaktivierung wiederzubeleben. Schließlich stürmt Blue die Festung der Regierung, um sich Cliff zu stellen, beladen mit der Trauer des Planeten und den Hoffnungen der Verlorenen Kinder.

Die Geschichte webt eine klassische Rebellionserzählung mit Cyberpunk-Themen von körperlicher Autonomie, genetischer Manipulation und den entmenschlichenden Kosten autoritärer Kontrolle. Blues Reise von einem gejagten Jungen zu einem sich entwickelnden Symbol des Widerstands bildet den emotionalen Kern, während Fats sowohl komische Erleichterung als auch das vererbte Wissen eines verlorenen Wissenschaftlers namens Plum bietet, der die Neo Matrix entworfen hat, um die Menschheit zu befreien. Die Serie endet mit Blues finaler Konfrontation, die über das Schicksal von Tinos und das Überleben der Verlorenen Kinder entscheidet.