"Speed Grapher" spielt in einer dystopischen Zukunft Tokios, in der eine tiefe Kluft zwischen Arm und Reich die Gesellschaft prägt. Die Handlung beginnt in einer Welt, die von Korruption, Machtkämpfen und einer geheimen Organisation namens "Roppongi Club" beherrscht wird. Dieser exklusive Club bietet den Reichen und Mächtigen Zugang zu verbotenen Vergnügungen, die durch eine mysteriöse Substanz namens "Goddess" ermöglicht werden. Diese Substanz verleiht den Nutzern übernatürliche Fähigkeiten, die jedoch oft mit schwerwiegenden Nebenwirkungen verbunden sind.

Der Protagonist, Saiga Tatsumi, ist ein ehemaliger Kriegsfotograf, der durch seine Arbeit desillusioniert und zynisch geworden ist. Er wird in die Machenschaften des Roppongi Clubs verwickelt, als er auf der Suche nach einer Story auf die junge Kagura Tennouzu trifft. Kagura ist ein mysteriöses Mädchen, das im Zentrum des Clubs steht und als "Goddess" verehrt wird. Sie besitzt die Fähigkeit, durch ihren Kuss anderen übernatürliche Kräfte zu verleihen. Nachdem Saiga von Kagura geküsst wird, erhält er die Fähigkeit, alles, was er fotografiert, zu zerstören.

Gemeinsam fliehen Saiga und Kagura vor den Verfolgern des Clubs, die Kagura zurückholen wollen, um ihre Macht zu nutzen. Während ihrer Flucht enthüllt sich nach und nach die wahre Natur des Roppongi Clubs und die dunklen Geheimnisse hinter Kaguras Existenz. Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus Intrigen, politischen Machtspielen und persönlichen Konflikten, während Saiga und Kagura versuchen, sich gegen die übermächtigen Gegner zu behaupten.

Die Charaktere sind vielschichtig und oft von ihren eigenen inneren Dämonen getrieben. Saiga ist ein gebrochener Mann, der durch seine Begegnung mit Kagura einen Sinn in seinem Leben findet. Kagura hingegen ist ein naives, aber starkes Mädchen, das zwischen ihrer Rolle als "Goddess" und ihrem Wunsch nach Freiheit hin- und hergerissen ist. Die Antagonisten, darunter die skrupellose Geschäftsfrau Suitengu und der manipulierte Shougo, verkörpern die moralische Verderbtheit und den Machthunger, die die Welt von "Speed Grapher" prägen.

Die Handlung ist geprägt von Action, psychologischen Spannungen und einer düsteren Atmosphäre, die die moralischen Abgründe der Charaktere und der Gesellschaft widerspiegelt. "Speed Grapher" ist eine Geschichte über Macht, Korruption und die Suche nach Freiheit in einer Welt, die von Gier und Dekadenz beherrscht wird.