Die Mangaserie "I Kissed My Girlfriend's Little Sister?!" handelt von einem jungen Mann namens Haruto, der in einer komplizierten Beziehungssituation steckt. Haruto ist mit seiner Freundin Yuzuki zusammen, doch die Dinge werden unerwartet kompliziert, als er versehentlich Yuzukis jüngere Schwester, Hinata, küsst. Dieser Vorfall löst eine Reihe von emotionalen Konflikten und Missverständnissen aus, die das Leben aller Beteiligten durcheinanderbringen.

Hinata, die jüngere Schwester, entwickelt nach dem Kuss Gefühle für Haruto, obwohl sie weiß, dass er mit ihrer älteren Schwester zusammen ist. Yuzuki, die von dem Vorfall zunächst nichts ahnt, steht zwischen ihrer Liebe zu Haruto und ihrer Beziehung zu ihrer Schwester. Haruto selbst ist hin- und hergerissen zwischen seiner Loyalität gegenüber Yuzuki und den aufkeimenden Gefühlen, die er für Hinata zu entwickeln beginnt.

Die Handlung vertieft sich in die emotionalen Spannungen und moralischen Dilemmata, die aus dieser Dreiecksbeziehung entstehen. Die Charaktere müssen sich mit ihren eigenen Gefühlen, Eifersucht und den Konsequenzen ihrer Handlungen auseinandersetzen. Dabei werden Themen wie Liebe, Loyalität und familiäre Bindungen auf eine Weise behandelt, die sowohl dramatisch als auch nachdenklich stimmt.

Die Dynamik zwischen den Charakteren wird durch ihre persönlichen Entwicklungen und die Art und Weise, wie sie mit den Herausforderungen umgehen, weiter ausgebaut. Die Serie erkundet die Komplexität menschlicher Beziehungen und die oft unvorhersehbaren Wege, die das Leben nehmen kann, wenn Emotionen im Spiel sind.