"YoRHa: Pearl Harbor Descent Record (Manga)" ist eine Adaption der Ereignisse, die im Rahmen des "NieR: Automata"-Universums spielen. Die Handlung konzentriert sich auf die YoRHa-Einheit, eine Gruppe von Androiden, die von der Menschheit geschaffen wurde, um gegen die Maschinenwesen zu kämpfen, die die Erde übernommen haben. Die Geschichte beginnt mit dem Abstieg der YoRHa-Einheit auf die Erde, speziell in der Region, die als "Pearl Harbor" bezeichnet wird. Dieser Ort ist ein Schlüsselpunkt im Krieg gegen die Maschinenwesen, die von außerirdischen Invasoren kontrolliert werden.

Die Protagonisten der Geschichte sind die Androiden der YoRHa-Einheit, darunter die Kampfmodelle 2B und 9S. 2B ist eine Nahkampfspezialistin, die für ihre Effizienz und emotionale Zurückhaltung bekannt ist, während 9S ein Scanner-Modell ist, das für Aufklärung und Informationsbeschaffung zuständig ist. Die beiden arbeiten eng zusammen, um die Mission zu erfüllen, die Maschinenwesen zu besiegen und die Erde für die Menschheit zurückzuerobern. Im Verlauf der Handlung werden ihre Beziehung und die Herausforderungen, denen sie gegenüberstehen, detailliert dargestellt.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Gefechten und Erkundungsmissionen, bei denen die Androiden auf verschiedene Maschinenwesen und deren komplexe Verhaltensweisen treffen. Dabei werden philosophische Fragen zu Identität, Bewusstsein und dem Sinn des Krieges aufgeworfen. Die Androiden, die ursprünglich als Werkzeuge geschaffen wurden, beginnen, menschliche Emotionen und moralische Dilemmata zu erfahren, was ihre Mission und ihre Beziehung zueinander beeinflusst.

Ein zentrales Thema ist die Spannung zwischen den Befehlen der YoRHa-Einheit und den individuellen Entscheidungen der Androiden. Die Handlung zeigt, wie 2B und 9S mit den Konsequenzen ihrer Handlungen umgehen und wie sie versuchen, ihre Mission trotz der zunehmenden Komplexität ihrer Gefühle und der sich verschärfenden Bedrohung durch die Maschinenwesen zu erfüllen. Die Geschichte endet mit einem offenen Ausgang, der Raum für Interpretationen lässt und die Verbindung zum größeren "NieR: Automata"-Universum aufrechterhält.