"Mechiku (Manga)" erzählt die Geschichte einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit von einer mysteriösen Spezies namens "Mechiku" bedroht wird. Diese mechanischen Wesen, die aus einer unbekannten Dimension stammen, haben die Erde übernommen und die Zivilisation an den Rand des Zusammenbruchs gebracht. Die Überlebenden leben in verstreuten Siedlungen, die ständig von Angriffen der Mechiku bedroht sind.

Im Zentrum der Handlung steht ein junger Protagonist namens Kaito, der in einer abgelegenen Siedlung aufwächst. Kaito ist ein talentierter Mechaniker, der sich darauf spezialisiert hat, alte Technologien zu reparieren und zu verbessern. Sein Leben ändert sich schlagartig, als er auf eine geheimnisvolle, humanoide Mechiku namens Lira trifft, die sich von ihren Artgenossen unterscheidet. Lira besitzt ein Bewusstsein und zeigt keine feindseligen Absichten gegenüber Menschen. Stattdessen schließt sie sich Kaito an, um gemeinsam die Wahrheit über die Herkunft der Mechiku und ihre Ziele zu erforschen.

Während ihrer Reise stoßen Kaito und Lira auf verschiedene Fraktionen von Überlebenden, darunter Widerstandsgruppen, die gegen die Mechiku kämpfen, und korrupte Organisationen, die die Krise für ihre eigenen Zwecke ausnutzen. Die Beziehung zwischen Kaito und Lira entwickelt sich im Laufe der Geschichte, wobei Fragen nach Identität, Menschlichkeit und dem Wesen der Feindschaft zwischen den Spezies thematisiert werden.

Die Handlung wird durch zahlreiche Kämpfe und Konflikte vorangetrieben, bei denen Kaito und Lira sowohl gegen Mechiku als auch gegen menschliche Gegner antreten. Dabei wird deutlich, dass die Mechiku nicht nur eine einheitliche Bedrohung darstellen, sondern interne Konflikte und Hierarchien aufweisen. Liras Existenz wirft die Frage auf, ob eine friedliche Koexistenz zwischen Menschen und Mechiku möglich ist.

Neben Kaito und Lira spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Yuna, eine erfahrene Kämpferin und Anführerin einer Widerstandsgruppe, und Ren, ein ehemaliger Wissenschaftler, der die Technologie der Mechiku erforscht. Diese Figuren tragen dazu bei, die komplexe Welt und die moralischen Dilemmata der Geschichte zu vertiefen.

Die Handlung entwickelt sich zu einem größeren Konflikt, bei dem die wahren Absichten der Mechiku und die Rolle der Menschheit in diesem Krieg enthüllt werden. Die Serie kombiniert Action, Science-Fiction und emotionale Tiefe, während sie die Beziehung zwischen Technologie, Ethik und Überleben in einer feindlichen Welt erforscht.