"Surviving in Another World as a Villainess Fox Girl!" erzählt die Geschichte von Koyuki, einer jungen Frau, die nach einem unerwarteten Tod in einer modernen Welt in eine fantastische Parallelwelt reinkarniert wird. In dieser neuen Welt erwacht sie als Kitsune, eine Fuchsgestaltige, und muss feststellen, dass sie die Rolle der Antagonistin in einem otome-Spiel einnimmt, das sie aus ihrer früheren Welt kennt. Als Villainess ist ihr Schicksal in der Spielhandlung vorbestimmt: Sie soll am Ende des Spiels dem Untergang geweiht sein.

Koyuki beschließt, ihr Schicksal zu ändern und nicht den gleichen Weg wie die ursprüngliche Charakterin zu gehen. Sie nutzt ihr Wissen über die Spielhandlung, um Konflikte zu vermeiden und Beziehungen zu den anderen Charakteren aufzubauen, darunter die männlichen Liebesinteressen und die Protagonistin des Spiels. Dabei setzt sie ihre Intelligenz und ihre Fähigkeiten als Kitsune ein, um sich in der neuen Welt zurechtzufinden und ihre Position zu sichern.

Die Handlung konzentriert sich auf Koyukis Bemühungen, ihre Rolle als Villainess zu überwinden und ein neues Leben zu schaffen, das nicht von den vorgegebenen Spielereignissen bestimmt wird. Dabei muss sie sich mit den Erwartungen der Gesellschaft, den Intrigen des Adels und den Herausforderungen ihrer eigenen Identität als Fuchsgestaltige auseinandersetzen. Die Geschichte kombiniert Elemente des Isekai-Genres mit Themen der Selbstbestimmung, der sozialen Hierarchien und der Entwicklung zwischenmenschlicher Beziehungen.

Die Charaktere sind vielfältig und umfassen neben Koyuki die Protagonistin des Spiels, die oft als naive, aber gutherzige Figur dargestellt wird, sowie mehrere männliche Charaktere, die als potenzielle Liebesinteressen fungieren. Jeder dieser Charaktere hat eigene Hintergründe und Motivationen, die im Laufe der Handlung weiterentwickelt werden. Die Dynamik zwischen den Figuren und Koyukis Bemühungen, ihre Zukunft zu gestalten, bilden den Kern der Erzählung.