Die Mangaserie "Kenshi o Mezashite Nyūgaku Shita Noni Mahō Tekisei 9999 Nandesu Kedo!?" erzählt die Geschichte von Haruto, einem jungen Mann, der sich an einer renommierten Akademie für Schwertkunst einschreibt, um ein mächtiger Schwertkämpfer zu werden. Haruto träumt davon, seine Fähigkeiten zu perfektionieren und eines Tages als Held bekannt zu werden. Doch während der Aufnahmeprüfung wird festgestellt, dass er eine außergewöhnlich hohe magische Begabung besitzt – einen magischen Eignungswert von 9999, der weit über dem Durchschnitt liegt. Dies stellt ihn vor ein Dilemma, da die Akademie eigentlich auf Schwertkampf spezialisiert ist und Magie nur eine untergeordnete Rolle spielt.

Trotz seiner ursprünglichen Absicht, sich ausschließlich auf den Schwertkampf zu konzentrieren, wird Haruto aufgrund seiner magischen Fähigkeiten in den Fokus der Akademie und seiner Mitschüler gerückt. Seine außergewöhnliche magische Begabung zieht sowohl Bewunderung als auch Neid auf sich, und er muss lernen, mit den Erwartungen und Herausforderungen umzugehen, die seine Fähigkeiten mit sich bringen. Im Laufe der Geschichte entwickelt Haruto nicht nur seine magischen Fähigkeiten weiter, sondern auch seine Beziehungen zu seinen Mitschülern, darunter die talentierte Schwertkämpferin Lina und der ehrgeizige Rivale Kaito.

Die Handlung folgt Harutos Weg, seine magischen und kämpferischen Fähigkeiten in Einklang zu bringen, während er sich in einer Welt voller Intrigen, Wettbewerbe und unerwarteter Bedrohungen zurechtfindet. Dabei wird er mit verschiedenen Prüfungen konfrontiert, die sowohl seine körperlichen als auch geistigen Grenzen herausfordern. Die Serie kombiniert Elemente des Action-Genres mit humorvollen Momenten und einer Prise Fantasy, während sie Harutos Wachstum als Charakter und seine Anpassung an die unerwarteten Wendungen seines Schicksals beleuchtet.