"Material Puzzle: Saikō Shōnen" ist eine Manga-Serie, die sich um den Protagonisten Kakeru dreht, einen hochintelligenten Jugendlichen mit einem außergewöhnlichen Talent für das Lösen von Rätseln und Puzzles. Die Handlung beginnt damit, dass Kakeru in eine mysteriöse Organisation namens "Material Puzzle" gerät, die sich auf die Erforschung und Nutzung von sogenannten "Materialien" spezialisiert hat. Diese Materialien sind seltsame Objekte mit übernatürlichen Eigenschaften, die in der Lage sind, die Realität zu verändern oder unerklärliche Phänomene hervorzurufen.

Kakeru wird von der Organisation rekrutiert, um bei der Lösung von Fällen zu helfen, die mit diesen Materialien in Verbindung stehen. Dabei trifft er auf eine Vielzahl von Charakteren, darunter andere Mitglieder der Organisation, die jeweils über einzigartige Fähigkeiten verfügen. Zusammen arbeiten sie daran, die Geheimnisse der Materialien zu entschlüsseln und ihre gefährlichen Auswirkungen zu kontrollieren. Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Materialien nicht nur wissenschaftlich interessant sind, sondern auch eine Bedrohung für die Welt darstellen können, wenn sie in die falschen Hände geraten.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von episodischen Geschichten, in denen Kakeru und seine Mitstreiter verschiedene Rätsel und Herausforderungen bewältigen müssen. Dabei werden immer wieder neue Aspekte der Materialien und ihrer Herkunft enthüllt. Gleichzeitig gibt es eine übergeordnete Handlung, die sich um die wahren Absichten der Organisation und die Hintergründe der Materialien dreht. Kakeru muss nicht nur seine intellektuellen Fähigkeiten einsetzen, sondern auch moralische Dilemmata bewältigen, da die Nutzung der Materialien oft ethische Fragen aufwirft.

Die Charaktere sind vielschichtig und entwickeln sich im Laufe der Serie weiter. Kakeru steht im Mittelpunkt, aber auch die anderen Mitglieder der Organisation, wie die rätselhafte Yuki und der pragmatische Ryo, spielen wichtige Rollen. Ihre Beziehungen zueinander und ihre individuellen Motivationen tragen zur Tiefe der Geschichte bei. Die Serie kombiniert Elemente aus Mystery, Science-Fiction und Action, wobei die Rätsel und Puzzles einen zentralen Bestandteil der Handlung bilden.