"*She's the Cutest... But We're Just Friends!*" ist eine romantische Comedy-Manga-Serie, die sich um die Beziehung zwischen dem Protagonisten Junpei Koshigaya und seiner besten Freundin Koyuki Ayase dreht. Junpei ist ein durchschnittlicher Schüler, der sich in seiner Freizeit mit Videospielen beschäftigt und ein eher zurückhaltendes Leben führt. Koyuki hingegen ist eine beliebte und attraktive Schülerin, die von vielen bewundert wird. Trotz ihrer unterschiedlichen Persönlichkeiten sind die beiden seit ihrer Kindheit enge Freunde.

Die Geschichte beginnt damit, dass Junpei und Koyuki ihre Freundschaft aufrechterhalten, während sie gemeinsam die Highschool besuchen. Koyuki zeigt oft Anzeichen von Zuneigung gegenüber Junpei, doch dieser interpretiert ihre Handlungen stets als freundschaftliche Gesten. Dies führt zu einer Reihe von Missverständnissen und komischen Situationen, da Koyuki versucht, Junpei näherzukommen, während dieser ihre Gefühle nicht erkennt. Die Dynamik zwischen den beiden wird durch ihre unterschiedlichen Perspektiven auf ihre Beziehung geprägt: Koyuki sieht Junpei als mehr als nur einen Freund, während Junpei ihre Gefühle nicht wahrnimmt oder sich nicht traut, sie zu erwidern.

Im Laufe der Serie werden weitere Charaktere eingeführt, die die Beziehung zwischen Junpei und Koyuki beeinflussen. Dazu gehören Klassenkameraden, die entweder in Koyuki verliebt sind oder Junpei auf unterschiedliche Weise herausfordern. Diese Nebencharaktere tragen zur Entwicklung der Handlung bei, indem sie Konflikte schaffen oder die Hauptfiguren dazu bringen, ihre Gefühle zu reflektieren. Die Serie nutzt humorvolle und herzerwärmende Momente, um die langsame Annäherung zwischen Junpei und Koyuki zu zeigen, während gleichzeitig die Spannung aufrechterhalten wird, ob und wann Junpei Koyukis Gefühle erwidern wird.

Die Handlung konzentriert sich stark auf die alltäglichen Interaktionen der Charaktere, wobei der Schwerpunkt auf der Entwicklung ihrer Beziehung liegt. Die Serie kombiniert romantische Elemente mit humorvollen Szenen, die aus den Missverständnissen und der Naivität der Hauptfiguren resultieren. Durch diese Mischung aus Romantik und Comedy wird die Geschichte sowohl unterhaltsam als auch emotional ansprechend gestaltet.