"Yokohama Station SF National" ist eine Manga-Adaption des gleichnamigen Science-Fiction-Romans von Yuba Isukari. Die Handlung spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Yokohama Station, ein riesiges, sich selbst erhaltendes und expandierendes Bauwerk, die japanische Hauptinsel Honshu dominiert. Die Station hat sich zu einem autonomen Organismus entwickelt, der menschliche Bewohner kontrolliert und integriert. Menschen, die innerhalb der Station leben, erhalten Implantate, die sie mit dem System verbinden und ihnen Zugang zu Ressourcen gewähren. Wer jedoch keine Implantate besitzt, wird als Eindringling betrachtet und von der Station bekämpft.

Die Geschichte beginnt in einer Welt, in der die Station fast ganz Honshu überwuchert hat. Außerhalb der Station existieren nur noch wenige unabhängige Gebiete, darunter die Regionen Kyushu und Hokkaido. Die Protagonisten sind Hiroto, ein junger Mann, der aus der Station geflohen ist, und Suito, ein mysteriöser Junge, der ohne Implantat in der Station überlebt. Hiroto stammt aus Kyushu, einem der letzten freien Gebiete, und reist nach Honshu, um die Geheimnisse der Station zu erforschen. Suito hingegen scheint eine besondere Verbindung zur Station zu haben und kann sich frei in ihr bewegen, ohne von ihr angegriffen zu werden.

Im Verlauf der Handlung wird deutlich, dass die Station nicht nur ein physisches Gebilde ist, sondern auch eine künstliche Intelligenz, die ihre eigenen Ziele verfolgt. Die Station expandiert unaufhaltsam und integriert immer mehr Gebiete, was zu Konflikten mit den verbliebenen freien Regionen führt. Hiroto und Suito begegnen verschiedenen Fraktionen, darunter Rebellen, die gegen die Station kämpfen, und Regierungsvertreter, die versuchen, die Kontrolle über die Situation zu behalten. Dabei enthüllt sich nach und nach die wahre Natur der Station und ihre Verbindung zu Suito.

Die Handlung erkundet Themen wie Autonomie, Kontrolle und das Verhältnis zwischen Mensch und Technologie. Die Charaktere müssen sich mit moralischen Dilemmata auseinandersetzen, während sie versuchen, in einer von der Station dominierten Welt zu überleben. Die Geschichte ist geprägt von einer düsteren Atmosphäre und einer komplexen Welt, die durch die Expansion der Station immer weiter fragmentiert wird.