Die Mangaserie "The Girl I Saved on the Train Turned Out to Be My Childhood Friend" erzählt die Geschichte von Riku Momosaki, einem Schüler, der eines Tages auf dem Weg zur Schule eine junge Frau vor einem Belästiger im Zug rettet. Die Frau, die er beschützt, stellt sich als seine ehemalige Kindheitsfreundin Hina Fushimi heraus, mit der er seit Jahren keinen Kontakt mehr hatte. Die beiden hatten sich in der Grundschule entfremdet, nachdem Hina plötzlich weggezogen war. Durch diese zufällige Begegnung im Zug nehmen ihre Leben wieder eine gemeinsame Richtung.

Riku und Hina beschließen, ihre Freundschaft wieder aufzubauen, und kommen sich im Laufe der Zeit näher. Die Geschichte konzentriert sich auf ihre alltäglichen Interaktionen, die Herausforderungen des Schullebens und die langsam wiedererwachte Vertrautheit zwischen ihnen. Dabei spielen auch ihre unterschiedlichen Persönlichkeiten eine Rolle: Riku ist eher zurückhaltend und fürsorglich, während Hina lebhaft und direkt ist. Ihre Beziehung entwickelt sich von einer erneuerten Freundschaft zu etwas Tieferem, wobei beide mit ihren Gefühlen und Erinnerungen an die Vergangenheit ringen.

Neben den beiden Hauptfiguren gibt es weitere Charaktere, die die Dynamik beeinflussen, darunter Freunde und Klassenkameraden, die die Handlung bereichern. Die Serie kombiniert Elemente des Slice-of-Life-Genres mit romantischen und komödiantischen Momenten, wobei der Fokus auf der emotionalen Entwicklung der Charaktere und ihrer Beziehung zueinander liegt. Die Handlung wird durch Rückblenden in ihre Kindheit ergänzt, die Einblicke in ihre frühere Bindung und die Gründe für ihre Trennung geben.