"Ōoku: The Inner Chambers" spielt in einem alternativen Japan der Edo-Zeit, in dem eine mysteriöse Krankheit, bekannt als der "Rote Pocken", einen Großteil der männlichen Bevölkerung ausgelöscht hat. Dadurch wird die Gesellschaft von Frauen dominiert, während Männer zu einer seltenen und geschützten Ressource werden. Die politische Macht liegt in den Händen der Shōgunin, einer Frau, die das Amt des Shōgun innehat. Der Ōoku, traditionell der Harem des Shōgun, wird in dieser Welt zu einem Ort, in dem Männer als Konkubinen dienen, um die Fortpflanzung und den Erhalt der männlichen Linie zu sichern.

Die Handlung beginnt mit der Einführung von Yoshimune, der achten Shōgunin, die versucht, die Korruption und den Niedergang des Ōoku zu bekämpfen. Sie ist eine pragmatische und fortschrittliche Herrscherin, die sich gegen die traditionellen Strukturen stellt, um das Land zu reformieren. Im Zentrum der Geschichte steht auch Mizuno Yunoshin, ein junger Samurai, der aufgrund finanzieller Schwierigkeiten seiner Familie gezwungen ist, dem Ōoku beizutreten. Dort wird er mit den komplexen Hierarchien, Intrigen und Machtkämpfen konfrontiert, die das Leben im Inneren des Palastes prägen.

Ein weiterer wichtiger Charakter ist Arikoto, ein buddhistischer Mönch, der aufgrund seiner Schönheit und seines Charismas in den Ōoku gebracht wird. Seine Anwesenheit löst sowohl Bewunderung als auch Konflikte aus, da er sich mit den moralischen und emotionalen Herausforderungen auseinandersetzen muss, die das Leben im Harem mit sich bringt. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind von Macht, Loyalität und Verrat geprägt, während die gesellschaftlichen Normen und Geschlechterrollen infrage gestellt werden.

Die Handlung erforscht die Auswirkungen der geschlechtlichen Umkehrung auf Politik, Kultur und persönliche Beziehungen. Themen wie Macht, Identität und die Natur der menschlichen Beziehungen werden durch die komplexen Interaktionen der Charaktere und die politischen Intrigen des Ōoku dargestellt. Die Geschichte entwickelt sich über mehrere Generationen hinweg, wobei die Auswirkungen der Krankheit und die sich wandelnde Gesellschaft im Mittelpunkt stehen.