"Mahouka Koukou no Rettousei" (dt. "The Irregular at Magic High School") spielt in einer Welt, in der Magie nicht nur existiert, sondern auch als wissenschaftliche Disziplin etabliert ist. Die Handlung konzentriert sich auf die Geschwister Tatsuya und Miyuki Shiba, die die First High School besuchen, eine Eliteeinrichtung für magisch begabte Schüler. Die Schule unterteilt die Schüler in zwei Gruppen: die "Blooms", die über ausgeprägte magische Fähigkeiten verfügen, und die "Weeds", deren Fähigkeiten als unterdurchschnittlich gelten. Tatsuya wird trotz seiner außergewöhnlichen Fähigkeiten in der praktischen Anwendung von Magie als Weed eingestuft, während Miyuki aufgrund ihrer überragenden Talente zu den Blooms gehört.

Tatsuya, der oft als kühl und berechnend wahrgenommen wird, besitzt einzigartige Fähigkeiten, die ihn von anderen Magiern unterscheiden. Obwohl er in der Theorie der Magie schwache Leistungen zeigt, ist er in der Lage, komplexe magische Techniken zu analysieren und zu dekonstruieren, was ihn zu einem gefährlichen Gegner macht. Miyuki hingegen ist eine hochbegabte Magierin, die von ihren Mitschülern bewundert wird. Die enge Bindung zwischen den Geschwistern spielt eine zentrale Rolle in der Handlung, wobei Miyuki eine tiefe Zuneigung zu Tatsuya empfindet, die über die übliche Geschwisterliebe hinausgeht.

Die Geschichte entwickelt sich durch eine Reihe von Konflikten, die sowohl innerhalb der Schule als auch in der breiteren magischen Gesellschaft stattfinden. Tatsuya und Miyuki werden in politische Intrigen, terroristische Anschläge und Machtkämpfe verwickelt, die oft mit der Entwicklung und dem Missbrauch von Magie verbunden sind. Tatsuya nutzt seine Fähigkeiten, um seine Schwester und seine Freunde zu schützen, während er gleichzeitig die Geheimnisse seiner eigenen Vergangenheit und die wahren Absichten der Organisationen, die ihn umgeben, aufdeckt.

Neben den Geschwistern Shiba spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Klassenkameraden wie Erika Chiba, Leonhard Saijou und Mikihiko Yoshida, die sich mit Tatsuya verbünden und ihn in seinen Kämpfen unterstützen. Antagonisten wie die terroristische Gruppe "Blanche" und rivalisierende magische Organisationen stellen immer wieder Herausforderungen dar, die Tatsuya und seine Verbündeten dazu zwingen, ihre Fähigkeiten und Loyalitäten zu testen.

Die Handlung verbindet Elemente von Action, Science-Fiction und Schuldrama mit einer detaillierten Welt, in der Magie und Technologie eng miteinander verflochten sind. Die politischen und sozialen Spannungen zwischen Magiern und Nicht-Magiern sowie die Hierarchien innerhalb der magischen Gemeinschaft bieten einen komplexen Hintergrund für die Charakterentwicklung und die fortlaufenden Konflikte.