"Mahōka Kōkō no Rettōsei: Raihōsha-hen (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Light-Novel-Arcs und spielt in einer Welt, in der Magie als wissenschaftliche Disziplin etabliert ist. Die Handlung konzentriert sich auf die Geschwister Tatsuya und Miyuki Shiba, die an der First High School, einer Eliteeinrichtung für magisch begabte Schüler, studieren. Tatsuya, obwohl technisch als "Unfähiger" eingestuft, besitzt einzigartige Fähigkeiten in strategischer Magie und Kampftechniken, während Miyuki als außergewöhnlich talentierte Magierin gilt.

Der Arc "Raihōsha-hen" führt eine neue Bedrohung ein: eine Gruppe namens "Blanche", die gegen die Diskriminierung von Nicht-Magiern kämpft und dabei radikale Methoden anwendet. Blanche infiltriert die First High School, um ihre Agenda voranzutreiben, und stellt eine direkte Gefahr für die Schüler dar. Tatsuya wird in die Auseinandersetzungen verwickelt, als er und seine Freunde versuchen, die Pläne von Blanche zu durchkreuzen und die Sicherheit der Schule zu gewährleisten. Dabei offenbart sich seine strategische Brillanz und seine Fähigkeit, selbst scheinbar übermächtige Gegner zu besiegen.

Parallel dazu wird die Beziehung zwischen Tatsuya und Miyuki weiter vertieft, wobei Miyukis tiefe Zuneigung zu ihrem Bruder und ihre Loyalität ihm gegenüber im Mittelpunkt stehen. Die Dynamik zwischen den Geschwistern wird durch die Herausforderungen, die Blanche mit sich bringt, zusätzlich auf die Probe gestellt. Neben den Hauptcharakteren spielen auch Nebenfiguren wie Erika Chiba, Leonhard Saijou und Mikihiko Yoshida eine wichtige Rolle, da sie Tatsuya unterstützen und ihre eigenen Fähigkeiten unter Beweis stellen.

Die Handlung kombiniert magische Kämpfe, politische Intrigen und persönliche Konflikte, wobei die Welt der Magie und ihre gesellschaftlichen Hierarchien detailliert dargestellt werden. Der Fokus liegt auf der Entwicklung der Charaktere, ihren Beziehungen und den moralischen Dilemmata, die sich aus der Konfrontation mit Blanche ergeben. Die Geschichte bleibt eng mit dem übergeordneten Universum von "Mahōka Kōkō no Rettōsei" verbunden, während sie gleichzeitig neue Facetten der magischen Welt und ihrer Bewohner erkundet.