"Die Legende von Zelda - Majora's Maske (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Videospiels und erzählt die Geschichte des jungen Helden Link, der in eine fremde Welt namens Termina gerät. Die Handlung beginnt, als Link auf der Suche nach einem verschwundenen Freund in einen mysteriösen Wald gelangt und von einem maskierten Wesen namens Skull Kid überfallen wird. Skull Kid stiehlt Links Pferd Epona und den Ocarina of Time, ein mächtiges Instrument, das die Zeit beeinflussen kann. Bei dem Kampf wird Link in eine Deku-Pflanze verwandelt.

Link gelangt in die Stadt Clock Town, wo er erfährt, dass der Mond in drei Tagen auf die Erde stürzen und alles zerstören wird. Die Bewohner Terminas sind sich der drohenden Katastrophe bewusst, doch viele reagieren mit Gleichgültigkeit oder Verzweiflung. Link erhält von einem geheimnisvollen Maskenhändler die Möglichkeit, die Zeit zurückzudrehen, indem er die Ocarina of Time spielt. Dadurch kann er die drei Tage immer wieder neu erleben, um das Schicksal Terminas abzuwenden.

Im Laufe der Geschichte sammelt Link verschiedene Masken, die ihm besondere Fähigkeiten verleihen. Jede Maske ist mit den Schicksalen der Bewohner Terminas verbunden, und Link hilft ihnen, ihre Probleme zu lösen, um die Masken zu erhalten. Zu den wichtigsten Masken gehören die Deku-Maske, die Goron-Maske und die Zora-Maske, die es Link ermöglichen, sich in diese Wesen zu verwandeln und ihre Fähigkeiten zu nutzen. Diese Verwandlungen sind entscheidend, um die vier Tempel zu betreten und die darin gefangenen Riesen zu befreien, die den Mond aufhalten können.

Skull Kid, der von der bösen Majora-Maske kontrolliert wird, treibt die Handlung voran. Die Maske besitzt eine eigene, zerstörerische Persönlichkeit und nutzt Skull Kid als Werkzeug, um Chaos zu verbreiten. Link erfährt, dass die Majora-Maske einst von einem alten Stamm geschaffen wurde, um ihre dunklen Rituale durchzuführen, und dass sie nun versucht, ihre Macht zurückzugewinnen.

Die Charaktere in Termina sind vielfältig und spiegeln die unterschiedlichen Reaktionen auf die bevorstehende Katastrophe wider. Neben Link spielen Figuren wie Tatl, eine Fee, die Link begleitet, und der Maskenhändler, der eine zentrale Rolle im Kampf gegen die Majora-Maske einnimmt, eine wichtige Rolle. Die Bewohner Clock Towns und der umliegenden Regionen, wie die Gorons, die Zoras und die Ikana, tragen durch ihre individuellen Geschichten zur Tiefe der Handlung bei.

Die Handlung gipfelt in einem finalen Konflikt, bei dem Link die Majora-Maske direkt in einer surrealen Dimension bekämpft. Durch die Befreiung der Riesen und die Kraft der gesammelten Masken gelingt es Link, den Mond zu stoppen und Termina zu retten. Die Geschichte endet mit der Rückkehr der Normalität, während Link weiterzieht, um neue Abenteuer zu erleben.