"Mononote - Edo Shinobi Kagyō" spielt im historischen Japan der Edo-Zeit und verbindet Elemente des Ninja-Genres mit übernatürlichen Themen. Die Handlung dreht sich um die Protagonistin Kagerō, eine junge Shinobi, die in einer verborgenen Ninja-Schule ausgebildet wird. Diese Schule, bekannt als "Mononote", ist auf die Bekämpfung von Yokai und anderen übernatürlichen Bedrohungen spezialisiert. Kagerō besitzt einzigartige Fähigkeiten, die sie von anderen Shinobi unterscheiden, darunter die Fähigkeit, die wahre Natur von Yokai zu erkennen und mit ihnen zu interagieren.

Die Geschichte beginnt mit Kagerōs Auftrag, in die Stadt Edo zu reisen, um eine Reihe mysteriöser Vorfälle zu untersuchen, die mit Yokai in Verbindung gebracht werden. Dabei trifft sie auf verschiedene Charaktere, darunter den geheimnisvollen Sōma, einen ehemaligen Shinobi, der sich von seiner Vergangenheit distanziert hat, aber dennoch über beträchtliche Fähigkeiten verfügt. Zusammen bilden sie ein ungewöhnliches Team, das sich den übernatürlichen Bedrohungen stellt.

Im Laufe der Handlung enthüllt sich, dass die Yokai-Aktivitäten Teil eines größeren Plans sind, der von einer mysteriösen Organisation orchestriert wird. Diese Organisation verfolgt das Ziel, die Grenze zwischen der menschlichen Welt und der Yokai-Welt zu verwischen, um Chaos zu stiften. Kagerō und Sōma müssen nicht nur gegen Yokai kämpfen, sondern auch die wahren Absichten ihrer Gegner aufdecken und verhindern, dass ihre Pläne Wirklichkeit werden.

Die Charakterentwicklung spielt eine zentrale Rolle, insbesondere Kagerōs innerer Konflikt zwischen ihrer Pflicht als Shinobi und ihrem Mitgefühl für die Yokai, die sie bekämpft. Sōma dient als Mentorfigur, dessen eigene Vergangenheit und Geheimnisse nach und nach enthüllt werden. Die Beziehung zwischen den beiden Charakteren ist von gegenseitigem Respekt und wachsender Vertrautheit geprägt, was die Dynamik der Geschichte bereichert.

Die Handlung ist geprägt von Action, strategischen Kämpfen und mystischen Elementen, die die Atmosphäre der Edo-Zeit einfangen. Gleichzeitig werden Themen wie Loyalität, Identität und das Zusammenleben von Mensch und Yokai behandelt. Die Geschichte bleibt eng mit der historischen Kulisse verbunden, während sie fantastische Elemente integriert, die das Genre bereichern.