"Sky Girls" ist eine Manga-Serie, die in einer nahen Zukunft spielt, in der die Menschheit von einer mysteriösen Bedrohung namens WORM (Weapon of Raid Machines) angegriffen wird. Diese mechanischen Wesen tauchen plötzlich auf und verursachen weltweit Zerstörung. Um dieser Gefahr entgegenzutreten, entwickelt die Menschheit fortschrittliche Waffen, darunter die sogenannten "Sonic Diver", spezielle Kampfanzüge, die von jungen Mädchen gesteuert werden. Diese Mädchen, bekannt als die "Sky Girls", sind die letzte Hoffnung der Menschheit im Kampf gegen die WORM.

Die Handlung konzentriert sich auf drei Hauptcharaktere: Eika Ichijō, eine ehemalige Kampfpilotin, die nach einem tragischen Unfall ihren Traum aufgeben musste; Otoha Sakimori, ein ruhiges und zurückhaltendes Mädchen mit einem starken Sinn für Gerechtigkeit; und Karen Shishidou, eine energische und selbstbewusste junge Frau, die sich durch ihre Fähigkeiten auszeichnet. Zusammen bilden sie ein Team, das die Sonic Diver steuert und gegen die WORM kämpft.

Die Geschichte entwickelt sich, als die drei Mädchen in einem geheimen Militärprogramm rekrutiert werden, um die Sonic Diver zu testen und zu verbessern. Während sie sich mit den Herausforderungen des Kampfes und den Anforderungen des Programms auseinandersetzen, müssen sie auch mit ihren persönlichen Ängsten und Konflikten umgehen. Die Beziehungen zwischen den Charakteren vertiefen sich, während sie gemeinsam gegen die WORM kämpfen und versuchen, die wahre Natur dieser Bedrohung zu verstehen.

Im Laufe der Serie werden die Hintergründe der WORM und ihre Verbindung zur Menschheit allmählich enthüllt, was zu einer komplexen und spannenden Handlung führt. Die Mädchen müssen nicht nur ihre körperlichen Fähigkeiten, sondern auch ihren Mut und ihre Entschlossenheit unter Beweis stellen, um die Welt vor der drohenden Gefahr zu retten. Die Serie verbindet Action, Science-Fiction und emotionale Tiefe, während sie die Entwicklung der Charaktere und ihre Beziehungen zueinander in den Vordergrund stellt.