"Blue Drop" ist eine Manga-Serie, die in einer Welt spielt, in der die Menschheit von einer außerirdischen Rasse, den Arume, bedroht wird. Die Geschichte beginnt mit der Ankunft eines mysteriösen Mädchens namens Mari Wakatake, das ohne Erinnerungen an einem Strand gefunden wird. Sie wird in die renommierte Mädcheninternatsschule Kaihou Academy aufgenommen, wo sie auf die ruhige und zurückhaltende Schülerin Hagino Senkouji trifft. Hagino ist jedoch nicht das, was sie zu sein scheint – sie ist in Wirklichkeit ein Mitglied der Arume und Kommandantin des Raumschiffs "Blue", das auf der Erde stationiert ist.

Die Handlung entfaltet sich durch die sich entwickelnde Beziehung zwischen Mari und Hagino, die trotz ihrer unterschiedlichen Hintergründe eine tiefe Verbindung zueinander aufbauen. Mari, die sich langsam an ihre Vergangenheit erinnert, entdeckt, dass sie eine Schlüsselrolle in einem bevorstehenden Konflikt zwischen den Menschen und den Arume spielt. Die Arume, die ursprünglich als friedliche Beobachter zur Erde kamen, sehen sich nun gezwungen, gegen die Menschheit zu kämpfen, da ihre eigene Existenz bedroht ist.

Im Laufe der Geschichte werden die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren sowie die moralischen Dilemmata, die sich aus dem Konflikt ergeben, untersucht. Hagino steht im Mittelpunkt dieser Konflikte, da sie zwischen ihrer Loyalität zu ihrer eigenen Rasse und ihrer wachsenden Zuneigung zu Mari hin- und hergerissen ist. Die Handlung wird durch politische Intrigen, militärische Strategien und persönliche Tragödien vorangetrieben, die die Charaktere vor schwierige Entscheidungen stellen.

Neben Mari und Hagino spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter Tsubael, ein weiteres Mitglied der Arume, das Hagino unterstützt, sowie verschiedene Schülerinnen und Lehrer der Kaihou Academy, die in den Konflikt hineingezogen werden. Die Serie thematisiert Themen wie Identität, Loyalität und die Konsequenzen von Krieg, während sie gleichzeitig eine emotionale und spannende Erzählung bietet.

"Blue Drop" verbindet Science-Fiction-Elemente mit einer tiefgründigen Charakterstudie und schafft so eine vielschichtige Geschichte, die sowohl actionreiche Szenen als auch intime Momente der Reflexion beinhaltet. Die Serie endet mit einem emotional aufgeladenen Finale, das die Schicksale der Charaktere und die Zukunft der beiden Rassen in Frage stellt.