"Captain Commando (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Arcade-Spiels und spielt in einer futuristischen Welt, in der Verbrechen und Chaos an der Tagesordnung sind. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Superhelden, die als "Captain Commando and the Commandos" bekannt sind und gegen eine Vielzahl von Bedrohungen kämpfen, um die Welt zu retten. Der Anführer der Gruppe ist Captain Commando selbst, ein charismatischer und technologisch hochgerüsteter Held, der mit seinem Team aus spezialisierten Kämpfern gegen das Böse vorgeht.

Die Geschichte beginnt mit der Entstehung des Teams, das sich aus verschiedenen Mitgliedern zusammensetzt: Jennety, ein Ninja mit übernatürlichen Fähigkeiten; Baby Head, ein genialer Wissenschaftler in einem Roboter-Körper; und Hoover, ein humanoider Alien mit übermenschlicher Stärke. Jeder Charakter bringt einzigartige Fähigkeiten und Hintergründe mit, die im Kampf gegen die antagonistischen Kräfte zum Tragen kommen.

Der Hauptkonflikt entsteht durch die Machenschaften des skrupellosen Verbrechers Scumocide, der eine Armee von Mutanten und Robotern anführt, um die Weltherrschaft an sich zu reißen. Captain Commando und sein Team müssen sich einer Reihe von Herausforderungen stellen, darunter Kämpfe gegen mächtige Bosse, die Rettung unschuldiger Zivilisten und die Verhinderung von Scumocides Plänen. Die Handlung ist geprägt von actionreichen Szenen, strategischen Kämpfen und der Entwicklung der Teamdynamik.

Im Laufe der Geschichte werden die Hintergründe der Charaktere tiefer beleuchtet, insbesondere die Motivationen und persönlichen Konflikte, die sie antreiben. Captain Commando selbst wird als eine Figur dargestellt, die trotz seiner überragenden Fähigkeiten mit den moralischen Dilemmata des Kampfes gegen das Böse ringt. Die Handlung bleibt dabei stets auf die Rettung der Welt und die Überwindung der antagonistischen Bedrohungen fokussiert, wobei auch humorvolle und emotionale Momente eingeflochten werden.

Die Serie kombiniert Elemente aus Science-Fiction, Action und Superhelden-Geschichten, wobei die futuristische Ästhetik und die technologischen Aspekte eine zentrale Rolle spielen. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Handlung weiter, und ihre Beziehungen zueinander werden vertieft, was der Geschichte zusätzliche Tiefe verleiht.