"SPY×FAMILY" ist eine Manga-Serie, die in einer fiktiven Welt spielt, die vom Kalten Krieg inspiriert ist. Die Handlung dreht sich um eine ungewöhnliche Familie, die aus drei Mitgliedern besteht, die jeweils ein Geheimnis vor den anderen bewahren. Der Protagonist, Twilight, ist ein hochqualifizierter Spion, der im Auftrag seiner Organisation eine Mission erhält, die den Frieden zwischen zwei verfeindeten Nationen sichern soll. Um Zugang zu einem einflussreichen Politiker zu erhalten, muss Twilight eine Scheinfamilie gründen. Er adoptiert ein junges Mädchen namens Anya, die über telepathische Fähigkeiten verfügt, und heiratet Yor, eine professionelle Auftragsmörderin, die ihre wahre Identität ebenfalls verbirgt.

Anya, ein Waisenkind, das in einem geheimen Experiment telepathische Kräfte entwickelt hat, ist sich der wahren Identitäten ihrer Adoptiveltern bewusst, behält dies jedoch für sich, da sie sich nach einer liebevollen Familie sehnt. Yor, die als Büroangestellte arbeitet, schließt sich der Familie an, um den Verdacht ihrer Kollegen zu zerstreuen, dass sie unverheiratet ist. Obwohl die Familie nur aus praktischen Gründen zusammengekommen ist, entwickeln sich im Laufe der Zeit echte emotionale Bindungen zwischen den Mitgliedern.

Die Handlung kombiniert Spionage, Action und humorvolle Alltagssituationen, während die Familie versucht, ihre Geheimnisse zu bewahren und gleichzeitig die Mission von Twilight zu erfüllen. Anya besucht eine Elite-Schule, um Kontakte zu knüpfen, die Twilight näher an sein Ziel bringen, während Yor ihre Fähigkeiten als Attentäterin einsetzt, um die Familie zu schützen. Die Serie thematisiert die Herausforderungen des Familienlebens, die Komplexität von Beziehungen und die Balance zwischen persönlichen und beruflichen Verpflichtungen, alles vor dem Hintergrund einer spannenden Spionagegeschichte.